肠伤寒的并发症复杂多样，发生率不一，同一患者可同时或先后出现多种并发症。
1、肠出血：为常见的严重并发症，发生率约2.4%～15%，多见于病程第2～3周，从大便隐血至大量血便，少量出血可无症状或仅有轻度头晕，脉快;大量出血时热度骤降，脉搏细速，体温与脉搏曲线呈交叉现象，并有头晕，面色苍白，烦躁，冷汗，血压下降等休克表现，有腹泻者并发肠出血机会较多，病程中活动过多，饮食成分不当，过于粗糙，过量饮食，排便时用力过度以及不适当的治疗性灌肠等均可成为肠出血诱因。
2、肠穿孔：为最严重的并发症，发生率约1.4%～4%，多见于病程第2～3周，肠穿孔常发生于回肠末段，但亦可见于结肠或其他肠段;穿孔数目大多为一个，少数为1～2个，也有报告多达13个者，肠穿孔的表现为突然右下腹剧痛，伴有恶心，呕吐，冷汗，脉细速，呼吸促，体温与血压下降(休克期)，经1～2h后腹痛及其他症状暂缓解(平静期)，不久体温又迅速上升并出现腹膜炎征象，表现为腹胀，持续性腹痛，腹壁紧张，广泛压痛及反跳痛，肠鸣音减弱至消失，腹腔内有游离液体，X线检查膈下有游离气体，白细胞数较原先增高伴核左移(腹膜炎期)，肠穿孔的诱因大致与肠出血相同，有的病例并发肠出血的同时发生肠穿孔。
3、支气管炎及肺炎：支气管炎多见于发病初期;肺炎(支气管肺炎或大叶性肺炎)则常发生于极期及病程后期，多为继发感染，极少由伤寒杆菌引起，毒血症严重者可有呼吸急促，脉速及发绀，咳嗽却不明显，体检可发现肺部Up音和(或)肺实变征。
