由于子宫内膜异位症的病因复杂，甚至可能与遗传因素有关，因此，在现阶段尚不能完全防止此症的发生，但如医务人员在以下几个方面加以注意，采取一些有效措施，则有可能降低此症的发病率。
1.对可能导致经血倒流的各种妇科情况，如重度子宫后倾，生殖道下段闭锁或狭窄，采取适当措施加以纠正。
2.尽可能防止医源性子宫内膜异位症的发生，避免在月经即将来潮前做输卵管通气检查术，以及对子宫后倾者做徒手复位术，以防止子宫内膜碎屑经输卵管被推送到盆腔，尽可能不采用剖宫取胎术作为终止中期妊娠的方法，而代之以药物引产，尽量不以人工流产作为节育措施，而采用安放宫内节育器或服用避孕药等方法，做剖宫产术时宜用纱布保护腹壁切口，防止子宫内膜碎屑植入腹壁组织，在缝合腹膜后，用生理盐水洗净腹壁伤口，再分层缝合。
