1.潜伏期 一般为10～15天，最短2天，长者可达35天。
2.前驱期 一般数小时至3天，部分患者和重型患者前驱期不明显，前驱期主要表现为低热，头昏，乏力，全身不适，四肢酸痛，大多数患者为急性发病，呈急性型经过。
3.急性期病程 一般为2～3周。
(1)发热：一般起病2～3天发热达高峰(39.5～4l℃)，大多数患者持续5～10天，然后阶梯状下降，经2～3天下降至正常，热型多为弛张热，部分患者可出现稽留热或不规则热。
(2)全身中毒症状：高热时伴头痛，全身肌肉痛，无力，食欲缺乏，恶心，呕吐等，并由于血管运动中枢的损害，患者还可出现面部，颈部潮红，结膜充血，脉搏缓慢，部分重症患者有心肌炎表现，常有心音低钝，心率增快，心电图检查有T波改变，严重患者可以突然出现心功能不全，急性肺水肿等。
(3)意识障碍和精神损害：约半数以上患者有不同程度神志，意识变化，如昏睡，表情淡漠，意识模糊，昏迷，亦可出现谵妄和精神错乱。
(4)脑膜受累的表现：最常见的症状是剧烈头痛，以颞部及后枕部持续钝痛多见，有时为爆炸性和搏动性，呈撕裂样全头痛，伴恶心，呕吐，颈项强直，脑膜刺激征，一般持续5～10天，可和昏迷同时存在，当意识清醒后，还可持续存在1周左右。
(5)肌肉瘫痪：以颈肌及肩胛肌与上肢联合瘫痪最多见，下肢肌肉和颜面肌瘫痪较少，瘫痪多呈弛缓型，此与乙型脑炎不同，一般出现在病程第2～5天，大多数患者经2～3周后逐渐恢复，少数留有后遗症而出现肌肉萎缩，成为残废，由于颈肌和肩胛肌瘫痪而出现本病特有头部下垂表现，肩胛肌瘫痪时，手臂摇摆无依状态。
(6)神经系统损害的其他表现：部分患者出现锥体外系统受损征，如震颤，不自主运动等，偶尔可见语言障碍，吞咽困难等延髓麻痹症状，或中枢性面神经和舌下神经的轻瘫。
4.恢复期 此期持续平均10～14天，体温下降，肢体瘫痪逐步恢复，神志转清，各种症状消失。
森林脑炎一般病程14～28天，但有少数患者可留有后遗症，如失语，痴呆，吞咽困难，不自主运动，还有少数病情迁延可达数月或1～2年之久，患者表现为弛缓性瘫痪，癫痫及精神障碍。
近年来国内报告，急性期患者的临床症状较过去有所减轻，病死率也明显降低，可能与采取免疫注射，加强对症治疗有关。
5.临床分型 按病情轻重分为下列4型。
(1)重型：突发高热，头痛，昏迷，迅速出现脑膜刺激征及颈肌和肢体肌肉瘫痪，或在发病短期出现上行性麻痹，危重患者如抢救不及时，可于1～2天内死亡，少数5～10天内或迁延数月因呼吸衰竭等而死亡。
(2)普通型(中型)：出现高热，头痛，呕吐及脑膜刺激征，伴有不同程度肌肉瘫痪，多在7～10天体温降至正常。
(3)轻型：多有发热，头痛，头昏，食欲缺乏和全身酸痛等全身感染症状及脑膜刺激征，脑症状不明显，多在5～7天体温开始下降，逐步降至正常，无后遗症。
(4)顿挫型：仅有轻度头痛，可有恶心，呕吐,体温38℃左右，维持l～3天即迅速下降。
6.按临床神经系统表现与病理特点的分型
(1)脑膜炎型：主要是头痛，恶心，呕吐及颈项强直等脑膜受累的临床表现，而无瘫痪或意识障碍。
(2)脑膜脑炎型：除脑膜炎型症状外尚可出现不同程度的意识障碍，可伴有惊厥，锥体束征或锥体外系统体征。
(3)脑干型：除脑膜脑炎症状，还有脑干运动神经核损害表现，如面神经和舌下神经瘫痪，语言障碍和吞咽困难等表现。
(4)脊髓灰质炎型：主要表现为肌肉弛缓性瘫痪。
(5)上升型(Landry型)：开始症状轻，下肢出现瘫痪，此后病变随神经通路上升至颈部，可致周围性呼吸麻痹，最后为延髓麻痹。
(6)混合型：是临床上症状最重的一型，具有上述几型临床综合表现，病死率极高。
