临床表现无特异性，可以似胃炎，胃溃疡或癌肿而难于区分，X线检查也不能对诊断有何帮助，虽然在呕吐物及胃内容物中常能发现大量真菌，但因胃真菌病是如此少见，而胃内容物中可能发现真菌机会甚多，故单纯发现真菌并不能认为是胃真菌病，文献上所有已经报道的胃真菌病均未能有正确的临床诊断，而最后的确诊只能有赖于手术或活组织检查。
