梅克尔憩室发生并发症时，可出现各种急腹症表现，其并发症有以下几方面：
1、肠梗阻：
梅克尔憩室并发症以低位小肠梗阻为常见，国内报道肠梗阻占其并发症的40%～64%，Ninov(1990)报道64例，肠梗阻占65%，Frank报道的34例手术中，肠梗阻占35%
(1)肠套叠：是梅克尔憩室致肠梗阻较常见类型，因憩室多位于回肠末端，憩室呈圆锥形，基底较宽者，当肠功能紊乱蠕动增强时，便可使憩室顶端翻转套入回肠腔内，成为肠套叠的起点，憩室翻入肠腔致肠管通过障碍，肠蠕动功能增强，把近段憩室翻入的肠管叠入远端肠腔内，形成回型肠套叠，套入肠管进一步推进发展，通过回盲瓣继续进入结肠时，则形成回结型肠套叠，有时憩室并不翻入回肠，而与肠管一同向远端回肠套入形成肠套叠。
梅克尔憩室并发肠套叠多发生于幼儿期以后，仍以阵发性腹痛(阵发性哭闹)，呕吐，果酱样血便为典型临床表现，查体：腹部仔细触诊多可触及套叠部位的腊肠样包块，直肠指诊除判定直肠内情多难鉴别。
2、憩室炎：
一般梅克尔憩室基底部开口于回肠皆较宽，使其分泌物较易流入回肠排出，而不致积留于憩室内，当憩室解剖形态为指状或葫芦状，开口部狭小时，或憩室颈部有梗阻时，或有异物及肠道寄生虫等原因，其临床表现酷似急性阑尾炎，大多是以阑尾炎剖腹手术，Frank报道的8例憩室炎术前皆误诊为急性阑尾炎，临床上因憩室并发症而手术切除的憩室病理结果皆有憩室炎症改变，马勇等认为梅克尔憩室炎是其各种并发症的基础病变，韩茂棠(1984)报道的50例手术并发症所见，憩室炎占17例，说明憩室炎发生率亦较高。
憩室炎临床多见于较大儿童，呈急性，亚急性发作，常表现为右下腹痛，恶心，呕吐，低热，腹部触诊右下腹近脐处压痛，白细胞增高，故临床上常误诊急性阑尾炎接受手术，当术中发现阑尾正常且临床体征较重时，应探查回肠末端及回盲部，以免遗漏本病，进而发展成憩室坏死，穿孔的严重后果。
3、梅克尔憩室并发脐瘘：
本病为先天性卵黄管未闭合与脐部开放所致，临床上慢性病变过程，脐孔部一般有少量黄色，有臭味的肠液溢出，偶有气体排出，本病应剔出瘘管一并切除憩室，术前应与脐尿管鉴别：可以从瘘孔处插一适宜导尿管，注射76%泛影葡胺液作X线造影检查以明确诊断;或从膀胱内注入亚甲蓝液，观察脐部有否亚甲蓝液溢出。
4、麦克尔憩室腔内异物嵌入口：
Velanovich报道1名误食硬币的9岁孩，因右下腹痛而就诊，经检查发现消化道异物硬币，观察2天位置不变而手术治疗，术中证实为硬币嵌入憩室内，同样，食入硬壳果皮等亦有可能嵌入憩室内不易排出而表现出临床症状。
5、憩室恶变：
国内尚未见有小儿梅克尔憩室恶变的报道，Moscs收集文献1605例梅克尔憩室并发症中，憩室肿瘤52例(3.2%)，因其肿瘤性质，程度不同，临床表现不一，可表现出腹痛，血便，肠梗阻症状等。
