肉眼可见肺广泛受侵较重，质地及颜色如肝脏，肺泡内及细支气管内充满泡沫样物质是坏死虫体和免疫球蛋白的混合物，肺泡间隔有浆细胞及淋巴细胞浸润，以致肺泡间隔增厚，达正常的5～20倍，占据整个肺容积的3/4，包囊开始位于肺泡间隔的巨噬细胞浆内，其后含有包囊的肺泡细胞脱落，进入肺泡腔;或包囊内的子孢子增殖与成熟，包囊壁破裂后子孢子排出成为游离的滋养体进入肺泡腔，肺泡渗出物中有浆细胞，淋巴细胞及组织细胞。
1、症状及体征可分为两个类型：
①婴儿型：主要发生在1～6个月小婴儿，属间质性浆细胞肺炎，起病缓慢，主要症状为吃奶不好，烦躁不安，咳嗽，呼吸增速及紫绀，而发热不显著，听诊时罗音不多，1～2周内呼吸困难逐渐加重，肺部体征少与呼吸窘迫症状的严重不成比例，为本病特点之一，病程4～6周，如不治疗约25%～50%患儿死亡。
②儿童型：主要发生于各种原因致免疫功能低下的小儿，起病急骤，与婴儿型不同处为几乎所有病人均有发热，此外，常见症状为呼吸加速，咳嗽，紫绀，三凹，鼻扇及腹泻，病程发展很快，不治疗时多死亡。
2、X线检查 可见双侧弥漫性颗粒状阴影，自肺门向周围伸展，呈毛玻璃样，伴支气管充气象，以后变成致密索条状，间杂有不规则片块状影，后期有持久的肺气肿，在肺周围部分更为明显，可伴纵隔气肿及气胸。
