主要表现为高位消化道梗阻症状，如呕吐，上腹部可见胃蠕动波和触到肥大的幽门肿块。
1.呕吐
为本病的首发症状，一般先天性肥厚性幽门狭窄病儿出生后多无症状，吸奶及大小便均正常，多于生后2～3周出现呕吐，少数病例生后即吐，也偶有迟至7～8周才吐，早产儿多发病晚，开始为食后溢乳，偶有呕吐，逐渐次数增多，终至每次奶后必吐，呕吐多在奶后数分钟即出现，由一般性呕吐变为喷射性，剧烈时可喷至数尺以外，常由口腔及鼻孔喷出，未成熟儿幽门狭窄时呕吐多不典型，为一般性呕吐，无喷射性，呕吐物为乳汁及胃液或乳凝块，不含胆汁，呕吐严重时可呈咖啡色(占3%～5%)，以后由于胃逐渐扩张和弛缓，乳汁在胃内较长时间潴留，呕吐次数较前似减少，有时奶后1～2次不吐，但下次奶后吐出量常较进入量多，将2次量一并吐出，含有较多的乳凝块，并带酸味，虽然呕吐频繁，但吐后仍有很强的食欲，表现有饥饿感，如再喂奶，能照常吸吮，呕吐较重者，粪便减少，数天排便1次，大便干燥，坚硬，尿量也减少。
2.胃蠕动波
腹部检查可见上腹部膨隆，下腹部平坦柔软，约95%的患儿于上腹部可见胃蠕动波，起自左肋下，向右上腹移动，然后消失，有时可看到两个波相继出现，尤其是在喂奶后易看到，有时用手轻拍腹壁也可引起胃蠕动波的出现，胃蠕动波是先天性肥厚性幽门狭窄常见的，但不是特有的体征，一般在喂奶时或饱食后易看到，早产儿在正常情况下也可见到，不能作为诊断依据。
3.腹部肿物
在右上腹部触到橄榄样肿块是幽门狭窄的特有体征，如能触到并结合典型呕吐的病史，就可以确定诊断，但这种肿块并不经常是容易触到的，肿块的检出率与检查者的经验，特别是耐心程度有关，检查最好是在病儿熟睡或在母亲怀抱喂奶时，此时小儿用力吸吮，腹壁松弛，医师站在病儿右侧，在右上腹肋下腹直肌外缘处，用中指指端轻轻向深部按摩，可触到橄榄形质地较坚硬的幽门肿块，有时因肿块位置较深，被肝脏覆盖，不易摸到，此时将左手放在病儿背后稍将其托起，右手中指将肝缘向上推移后再向深部触摸，只要耐心仔细地反复检查，几乎全部病例均能摸到肿块，早产儿因腹部肌肉发育差，腹壁薄，较易触到。
由于呕吐进行性加重，入量不足，常有脱水，初期体重不增，以后迅速下降，日见消瘦，如发病2～3周而未经治疗的病儿，其体重可较初生体重低20%左右，呈营养不良貌，皮下脂肪减少，皮肤松弛，干燥，有皱纹，弹性消失，前囟及眼窝凹陷，颊部脂肪消失，呈老年人面容。
5.碱中毒
由于长期呕吐，丢失大量胃酸和钾离子，可致低氯，低钾性碱中毒，临床表现为呼吸浅慢，因血中游离钙离子降低，可引起低钙痉挛，表现为手足搐搦，喉痉挛，强直性抽搐等，但如患儿脱水严重，肾功能低下，酸性代谢产物潴留体内，部分碱性物质被中和，故有明显碱中毒者并不多见，少数晚期病例甚至以代谢性酸中毒为主，表现为精神萎靡，拒食，面色灰白。
6.黄疸
2%～3%患儿出现黄疸，主要为间接胆红素增高，手术后黄疸逐渐消失，黄疸原因与热量不足，脱水，酸中毒影响肝细胞的葡萄糖醛酰转移酶活力，以及大便排出延迟增加肠肝循环有关;有时出现直接胆红素增高，与肥厚的幽门压迫胆总管产生机械性梗阻;自主神经平衡失调，引起胆总管的痉挛;脱水致胆汁浓缩及淤积等有关。
