一般情况下，真菌不会侵犯正常角膜，但当眼外伤，手术或长期局部使用抗生素，皮质类固醇以及机体抵抗力下降或角膜炎症后及干眼症等，可使非致病的真菌变为致病菌，引起角膜继发性真菌感染；或当角膜被真菌污染的农作物如谷物，枯草，树枝等擦伤及角膜异物挑除后引起真菌感染，常见的致病菌以曲霉菌多见，其次是镰刀菌，白色念珠菌，头芽孢菌及链丝菌等。
真菌感染角膜有3种途径：
(1)外源性：常有植物，泥土外伤史。
(2)眼附属器的感染蔓延。
(3)内源性：身体其他部位深部真菌感染，血行扩散，大多数学者认为真菌是一种条件致病菌，因为正常结膜囊内可以培养出真菌，检查阳性率高达27%，但不发病，只有长期使用抗生素，致结膜囊内菌群失调或长期应用糖皮质激素，使局部免疫力低下以及角膜的外伤等情况下，才引起真菌性角膜炎。
正常角膜即使将培养的真菌液滴入眼内，也不会引起FK，只有在角膜上皮遭到损伤或眼部免疫功能低下的情况下，才会引起真菌机会感染，常见的发病危险因素有以下几种：
(1)植物性眼外伤：以稻谷伤最常见，其次是植物枝叶擦伤和尘埃，泥土，砂石等异物所致。
(2)糖皮质激素滴眼：长期应用不但可引起角膜表层点状糜烂，促进结膜囊内真菌异常增殖，还可导致眼部免疫功能低下，引起真菌的机会性感染。
(3)广谱抗菌药应用：长期局部和全身应用抗菌药，可引起结膜囊内菌交替症发生，促进真菌生长。
(4)配戴角膜接触镜(软性角膜接触镜和0K镜)可直接因为角膜上皮糜烂或上皮擦伤引起真菌感染，也可以通过被真菌污染的保存液或清洁液引起感染。
长期抗癌药和免疫抑制药的全身应用可造成宿主免疫功能低下，导致真菌的机会感染发生。
发病机制
1.目前对真菌在角膜内感染的发病机制缺乏系统深入的研究，一些研究表明真菌本身的毒力即侵袭力和机体防御异常是真菌感染发生的两大因素，目前认为真菌的黏附，特别与宿主上皮的黏附是真菌感染角膜的第1步，最近的研究结果表明不同感染真菌对角膜上皮有不同的黏附力，一些研究还发现真菌在感染宿主的过程中，通过分泌一些特异性酶降解破坏宿主细胞膜，达到侵袭和扩散的目的，病原性真菌分泌的酶类目前研究较多的有磷酸酯酶和降解肽类的金属蛋白酶，对几种常见致病真菌的蛋白酶进行研究，发现不同真菌在感染的不同时期分泌蛋白酶的量是不一样的。
2.真菌的生长方式与临床特征的关系
(1)角膜病变组织表层为菌丝苔被，似地毯样覆盖在角膜的表层，中间为炎症坏死组织，并无真菌菌丝长入，内层为完全正常的角膜组织，这些患者在临床上表现为角膜表层的病灶，面积较大，病程缓慢，角膜基质水肿轻，一般没有卫星灶和免疫环，前房反应轻，角膜刮片易找到菌丝。
(2)病变角膜组织内显示真菌为灶性板层生长，菌丝只在病灶处垂直和水平扩散，病灶周围组织炎症细胞浸润，离病灶越远，角膜组织越接近正常，临床上为单个溃疡，常达角膜基质深层，表面常为脂样脓液覆盖，周围卫星灶明显，一般没有伪足，穿透性角膜移植术易切除病灶，角膜刮片阳性率较低，采用角膜活检阳性率明显提高。
(3)病变角膜组织为全层可见真菌菌丝，菌丝垂直嵌在组织间，且呈杂乱无章生长，有的已伸入到后弹力层，炎症严重处为凝固性坏死，炎症反应轻处为炎症组织与正常组织相间，临床上患者表现为炎症反应明显，病灶范围广，常为全角膜炎症反应，溃疡周围有明显卫星灶，伪足，病程短而猛，均伴前房积脓。
3.根据真菌性角膜炎的临床表现结合相应的病理学改变，目前可以把真菌性角膜炎大体上分为2种形式：
(1)水平生长型：真菌为表层地毯式生长，对抗真菌药物效果好，刮片阳性率高，是板层角膜移植的适应证。
(2)垂直和斜行生长型：为临床较严重的真菌感染，有特异的真菌感染伪足，卫星灶等，抗真菌药物往往无效，板层移植为禁忌，PKP时要尽可能切除病灶外0.5mm范围以上，才能有把握控制炎症。
