大多数微生物(如细菌，真菌或寄生虫)均可引起中枢神经系统局灶性化脓性感染，引起脑脓肿的最常见的细菌是链球菌，葡萄球菌，肠道细菌和厌氧菌，多数脑脓肿为混合性感染，链球菌和革兰阴性细菌，例如枸橼酸杆菌，沙门菌，沙雷菌属，变形杆菌，肠菌属和脆弱类杆菌属等，是引起新生儿脑脓肿的常见细菌，新生儿B组溶血性链球菌和枸橼酸杆菌脑膜炎时伴发脑脓肿的可能性非常高，故对于治疗不顺利的病例一定要常规进行CT，MRI或B超检查，以除外脑脓肿，在慢性中耳炎或粒细胞缺乏症的患者，铜绿假单胞菌感染的发病率增加。
骨髓移植术后或HIV感染的患者，脑脓肿的发生率明显增加，大多数由真菌引起，常见的真菌是念珠菌和曲霉菌;隐球菌通常引起脑膜炎，但也可引起脑脓肿，芽生菌，组织脑浆菌和球孢子菌等也偶可引起脑脓肿，其他可引起脑脓肿的致病微生物包括溶组织阿米巴，棘阿米巴，血吸虫，并殖吸虫和弓形体，各种蠕虫蚴体，如粪性圆线虫，旋毛虫，豚囊虫等也偶可移行至中枢神经系统引起脑脓肿。
额叶脑脓肿常见病原是微需氧葡萄球菌，厌氧菌和肠杆菌，头颅创伤引起的脑脓肿常见的病原是金黄色葡萄球菌和链球菌，中耳乳突炎并发的颞叶脑脓肿，以及隐源性脑内小脓肿(直径在1～1.5cm以下，常见于顶叶)，常见病原包括厌氧菌，需氧链球菌和肠杆菌，先天性青紫型心脏病，心内膜炎，化脓性血栓性静脉炎，败血症，骨髓炎等血行播散引起的脑脓肿大多沿大脑中动脉分布，致病菌包括微需氧链球菌，厌氧菌，金黄色葡萄球菌等。
发病机制
1、脑脓肿形成机制 脑脓肿的形成按其机制分为两大类：血源性感染(血行播散)和邻近感染灶的蔓延。
(1)血行播散：是儿童脑脓肿的常见原因，心，肺，皮肤等部位的感染灶均可通过血循环波及脑部，青紫性先天性心脏病常伴血液浓缩，易发生血栓或脓栓，是小儿血源性脑脓肿的最常见诱因，尤以法洛四联症引起的多见，感染性心内膜炎患儿也易于发生血源性脑脓肿，慢性化脓性肺部疾病，如肺脓肿，脓胸，支气管扩张症也是重要的诱因，菌血症的严重程度和持续时间是是否发生脑脓肿的重要因素，脑脓肿可作为外周化脓性感染(如骨髓炎，牙齿，皮肤，消化道等)引起的菌血症或败血症的转移灶出现，隐源性脑脓肿找不到原发感染灶，实际上也多属于血源性。
(2)邻近组织感染灶的直接蔓延：邻近感染灶(常见如中耳，鼻窦，眼眶，头面皮肤)的蔓延是脑脓肿的第2个常见诱因，中耳，乳突炎和鼻旁窦感染是邻近蔓延的最常见感染部位，以耳源性脑脓肿尤为多见，大多数病例的邻近感染蔓延是通过早已存在的解剖通道蔓延，但也可通过血栓性静脉炎或骨髓炎扩散，细菌性脑膜炎患者在发生严重的组织损伤时也可能导致脑脓肿的形成，脑部手术或脑室内引流偶可并发脑脓肿，头颅穿通伤，因骨碎片或异物进入脑部可引起局部感染。
2、分期 脑脓肿的发生大致可分为3期：
(1)急性脑炎期：感染波及脑部引起局灶性化脓性脑炎，局部脑组织出现水肿，坏死或软化灶。
(2)化脓期：炎性坏死和软化灶逐渐扩大，融合，形成较大的脓肿，脓腔外周形成不规则肉芽组织，伴大量中性粒细胞浸润，脓肿周围脑组织重度水肿。
(3)包膜形成期：病变逐渐限局形成包膜，一般在病程1～2周即可初步形成，3～8周形成较完整，在婴幼儿由于对感染的限局能力差，脓肿常较大而缺乏完整的包膜，脑脓肿如破入脑室则形成化脓性脑室炎，引起病情突然恶化，高热，昏迷，甚至死亡。
