为新生儿期泌尿系感染的最常见途径，常见于败血症(septicemia)，化脓性脑膜炎，肺炎(pneumonia)，脓疱病等过程中，与新生儿免疫功能较低有关。
新生儿尿路的特点是肾盂和输尿管较宽，输尿管管壁肌肉和弹力纤维发育不良，弯曲度大，易被压和扭转，易有尿潴留引流不畅而致感染；新生儿膀胱-输尿管连接处的瓣膜功能较弱，当膀胱充盈压力增高时，尿液易向上逆流而感染，新生儿女婴尿道仅长1cm(性成熟期为3～5cm)，外口暴露且距肛门甚近，故上行感染机会多，新生儿男婴虽尿道较长，但每次排尿时膀胱内尿液不易排空，尤其有包茎的小儿，污垢积聚也易发生上行感染，以上特点均为上行性感染易发生的因素。
肠道与肾脏，泌尿道之间有淋巴通路，新生儿肠道感染，尤其患大肠埃希杆菌性肠炎和鼠伤寒沙门菌肠炎时，易致泌尿系感染。
较少见，但邻近器官或组织有化脓性感染，如化脓性腹膜炎，肾周围脓肿等，可直接波及泌尿道而感染。
发病机制
1.新生儿易患泌尿系统感染的因素
(1)生理特点：因使用尿布，尿道口易受粪便污染引起上行感染；新生儿抗菌能力差，易患败血症导致细菌血行播散，另外，某些患儿膀胱黏膜产生表面蛋白，其作为一种受体与细菌细胞壁上的抗原高度亲和而使这些患儿更易发生泌尿系统感染。
(2)先天性畸形(congenital deformity)及尿路梗阻(urinary obstruction)：输尿管肾盂连接处狭窄，后尿道瓣膜，输尿管囊肿或异位输尿管，可致引流不畅而继发感染。
(3)膀胱输尿管反流(vesicoureteric reflux)：在正常情况下，膀胱内尿液在充盈和排尿时，能压迫膀胱壁内行走的输尿管，使其闭合尿液不能反流，在新生儿期，由于膀胱壁内行走的输尿管短，排尿时输尿管关闭不全而易反流，当有膀胱输尿管反流时易发生肾盂肾炎(pyelitis)。
2.病原菌：病原菌大多为革兰阴性细菌，细菌毒力强和细菌产生菌毛，以致其能黏附于尿道，向上移行，易致病原播散至肾实质，治疗不彻底或伴尿路畸形者，细菌易产生耐药性，可致反复感染。
3.感染途径：新生儿以血行感染为主，另外，女婴，男婴泌尿系统的生理解剖特点，可致上行性感染。
4.泌尿系感染：当细菌进入肾实质后，引起感染及其一系列的炎症反应，如果未及时治疗，感染将导致严重的肾脏损害和瘢痕形成，更严重者，重复感染没有合理诊治，最终导致严重肾瘢痕形成和反流性肾病，进入终末期肾病。
