根据临床特点加实验室检查符合第1，第2或第3条即可诊断，同时须注意有无尿路畸形，狭窄，结石，如果抗生素使用后效果不好或体检中有阳性发现(肾脏包块，生殖系及腰骶部中线异常，高血压，血清肌酐增高)时，应即刻做有关检查明确有无泌尿道畸形及反流。
应与新生儿感染性疾病，如败血症，颅内感染等相鉴别，须注意上述疾病可发生血行播散，造成泌尿系感染，依赖对本症的高度警惕和相应的实验室检查确诊。
