1.尿液常规检查
(1)尿液采集：新生儿尿培养尿标本采集的常用方法有集尿袋和导尿法，集尿袋法是在外阴清洗，消毒(1∶1000苯扎溴铵)后，用清洁塑料袋固定在外阴部留尿，但若30min未留到尿液需再次消毒，导尿法简单宜行，并能提供可靠的培养结果，特别是在弃除最初2～3ml可能被污染的尿液后，耻骨上穿刺取尿是尿培养尿标本的金标准，临床上较少应用，方法为患儿取平卧位，在膀胱充盈状态下，常规消毒皮肤，在耻骨联合上一横指宽腹中线处穿刺，抽取1～2ml 尿送培养即可，有经验者可以安全操作，很少发生出血，感染和肠穿孔。
(2)尿液常规检查：尿液沉淀后沉渣镜检，如白细胞>10个/高倍视野，或不离心尿标本的镜检，白细胞>5个/高倍视野，即应考虑为泌尿系感染，如尿中有管型尤其颗粒管型，提示肾实质已受损。
2.尿液直接涂片找菌
混匀的新鲜尿，若在油镜下每个视野能找到1个以上细菌，表明尿内细菌在10万/ml以上，有诊断意义。
3.尿培养及菌落计数
是确诊的重要依据，方法是用耻骨上膀胱穿刺术采取尿标本，尿液采取后立即做细菌培养，若有细菌生长即可诊断，同时必须做菌落计数，菌落计数>105/ml示感染，可确诊，104～105/ml为可疑，<104/ml多系污染，尿液培养的同时应做药物敏感试验，以指导临床治疗。
4.其他检查
对新鲜尿标本进行床边试验有助于诊断：脓尿(男孩>10个白细胞/祃，女孩>50个白细胞/祃)有较好的阴性预测价值，亚硝酸盐还原试验有较好的阳性预测价值，若亚硝酸盐试验，白细胞酯酶过筛试验及清洁尿液的显微镜检查均为阴性结果，可以完全除外尿路感染，因为在新生儿常合并败血症或脑膜炎，全面的检查包括血培养及脑脊液检查是必要的。
如久治不愈或反复发作时，应做进一步检查，包括腹部平片，静脉肾盂造影，膀胱尿路造影，超声波，肾扫描，肾图等，以了解有无畸形或功能异常。
放射影像学检查：在婴儿和儿童泌尿系统感染患者中约有30%存在泌尿系统的解剖异常，当泌尿系统感染诊断确立并治疗后，应用放射影像学的方法排除潜在解剖结构异常十分重要，放射影像学检查通常在感染后 2～4周进行，常用放射影像学检查包括泌尿系统的超声波检查和排泄性膀胱输尿管造影(voiding cystoureterogram，VCUG)，必要时可行肾CT或放射性核素检查，应该注意的是在行VCUG检查前，尿标本检查必须无菌和维持预防性抗生素治疗，VCUG在发现解剖异常及膀胱输尿管反流分级上有很重要的作用。
99mTc-DMSA(二硫基丁二酸)肾静态显像检查，若显示DMSA放射性分布异常，有助于新生儿特别是已预防性抗感染治疗的新生儿上泌尿道感染的诊断。
