各种事故或搬运重物引起的外伤(特别是骶管部位)，劳累、用力过度、分娩、硬膜外麻醉手术，导致脑脊液压力增大，脊液填充到囊肿，同时囊肿变大并压迫神经，形成囊肿。
骶管囊肿属于硬脊膜囊肿，起源于脊髓被膜，故用“椎管内脊膜囊肿”来总称这类疾病。椎管内脊膜囊肿多数被认为是先天性的。不论何种原因，囊肿的形成总是由于其初期与蛛网膜下腔相通，脑脊液随着动脉搏动进入，最终由于流出不畅或因液体静水压而逐渐扩大。
国外有报道称部分患者病情加重的同时会伴有体内疱疹病毒的爆发，因此也有人指出病毒或细菌也有可能是囊肿产生症状的原因之一。
