直接刺激
反流的酸直接刺激咽喉黏膜引起损伤及不适主诉。正常的喉部上皮中的具有保护作用的物质在喉咽反流病人中缺失，共同减弱了黏膜防御机制。同时，咽部黏膜缺乏食管的运动廓清能力及唾液中和作用，故较后者明显对反流刺激更敏感。
迷走反射
反流的物质可以刺激远端食管，引起迷走反射，引发的慢性咳嗽和清嗓可以对声带黏膜造成损伤，同时可以引起上食道括约肌的松弛反射，而使反流物进入到咽喉部引起损伤。
