根据患者的症状以及辅助检查可以对喉咽反流患者进行诊断。
目前临床上常用的、针对喉咽反流中患者的嗓音学分析方法有：
频闪喉镜
利用物理学原理通过频闪光源代替平光使高速振动的声带变为肉眼可见的慢速运动，从而使我们能观察到声带黏膜上的微细病变。频闪喉镜，有利于医生观察到患者喉的形态改变，还能通过声带粘膜波、声带振动幅度的观测等普通电子喉镜没有的特性。
客观声学分析
包含嗓音障碍指数、音域图、语谱图、嗓音疲劳测试、频率微扰和振幅微扰、噪声测试等指标，可客观地评价嗓音质量。通过声学分析可以初步分析发音有无病理改变，是否使用合适的发音特性发音，声音中是否含有较多的噪音成分。
主观声学分析
目前国际上常用的嗓音主观听感觉评估评估方法包括日本学者提出的GRBAS分级(听主观总嘶哑度G、粗糙度R、气息度B、无力度A、紧张度S 分级评估)和美国学者提出的CAPE-V分级。
空气动力学喉功能评估
常用的测量参数有：发音平均声门气流量，声门下压力，发声压力阈压值，发声气流阈气流值，声门气流量等参数。应用空气动力学分析和声学检查能够较为客观全面地评价喉功能。
喉肌电图检查必要时的喉肌电图检查等。
黏膜活检
目前认为，胃蛋白酶在pH下降时可以重新活化，当酸反流事件发生时可以加重喉部黏膜的损伤。喉咽反流病人中胃蛋白酶升高，碳酸酐酶减低，二者相结合将有助于喉咽反流的诊断。
总体来说，由于缺少严谨的入选标准以及相应的多中心大样本研究，以及喉咽反流的症状及喉镜表现均特异性较弱，其余的诊断方法也均有需要进一步完善之处，所以目前喉咽反流的诊断仍然需要依靠综合上述多种方法做出才更令人信服。
