许多影响外生殖器发育的先天畸形类似肾上腺性症综合征，这些包括：
(1)严重的尿道下裂和隐睾，
(2)非肾上腺型的女性假两性畸形(由于妊娠期服用过多雄激素或孕酮化药)，
(3)男性假两性畸形，
(4)真性两性畸形，这些孩子在任何激素异常，骨龄及成熟不超前。
在鉴别诊断方面：
1.主要与11β羟化酶缺乏症(11β-OHD)鉴别 11β羟化酶(P450c11β)缺乏是CAH第二位常见的类型，仅占5%～8%。在人群中其发病率1/1万。
当CYP11B1基因缺陷时，导致11β-OHD所致CAH，肾上腺11-脱氧皮质醇(S)不能转变为皮质醇(F)，脱氧皮质酮(DOC)不能转变为皮质酮(S)，最终不能合成Aldo，致使血DOC及S浓度增高，DOC也是较强的潴钠激素，可引起高血钠，低血钾，高血压，碱中毒，通过反馈作用，肾素- 血管紧张素受抑制，使Aldo合成减少，血PRA及Aldo水平下降。由于皮质醇合成受阻，可出现肾上腺皮质功能减低症状，ACTH水平增加，雄激素即 DHEA、△4-A、睾酮、尿17-KS水平增高，出现类似21-OHD的高雄激素症状和特征。
2.其他各种酶缺乏导致CAH的鉴别 。
3.失盐型21-OHD 与慢性肾上腺皮质功能不全(hypoadrenocorticism，Addison病)鉴别，Addison病有失盐、皮质醇减低、性激素降低，无男性化症状，且17-OHP正常。
4.单纯男性化型CAH与下列疾病鉴别
(1)男性者应与真性性早熟鉴别：
外生殖器形态类似，但后者睾丸和阴茎同时增大，接近青春发育，17-KS及睾酮达青春期水平，但17-OHP正常，FSH，LH增高。
(2)女性该型CAH需与真两性畸形鉴别：
虽外生殖器均可男性化，但后者血17-KS与睾酮等雄激素水平可正常。
(3)肾上腺雄性化肿瘤：
出生后雄性化症状逐渐发展，血雄激素水平可增高，17-OHP正常，B超或CT可发现一侧肾上腺肿块。
5.女性非典型21-OHD与多囊性卵巢综合征鉴别 后者多发生于生育年龄妇女，具有高雄激素症状和体征，且有胰岛素抵抗现象，B超显示有多个卵巢囊肿。
