1、消化不良，嗜酸性粒细胞性胃肠炎病人可有腹痛、恶心、呕吐、腹胀等消化反流性食管炎影像不良症状，但常缺乏特异性，对于以消化不良为表现的病人要与消化性溃疡、反流性食管炎、胃癌、慢性胰炎等鉴别。
2、肠梗阻，肌层型常可发生肠梗阻，要注意除外胃肠肿瘤和肠道血管性疾病等。
3、腹水，多见于浆膜型嗜酸粒细胞性胃肠炎。腹水常规和生化检查，腹水CEA检测，腹水病理检查有助于疾病的诊断。
4、嗜酸性粒细胞增多症，是一种病因未明的全身性疾病，它也可累及胃肠道。60%累及肝脏、14%累及胃肠道，弥漫性嗜酸粒细胞性胃肠炎除胃肠道外，常有50%累及胃肠道外的器官。
5、肠道寄生虫感染，可引起各种非特异性消化道系统症状，同时出现外周血嗜酸性粒细胞增多。反复检查粪便虫卵可以鉴别。
6、变态反应性疾病，支气管哮喘、过敏性鼻炎、荨麻疹，除可有外周血嗜酸性粒细胞增高外，各有其临床表现。
7、嗜酸性肉芽肿，主要发生在胃、大小肠，呈局限性包块，外周血嗜酸性粒细胞一般不升高，病理学特点为嗜酸性肉芽肿混于结缔组织基质中。
8、风湿性疾病，各种血管炎，如变态反应性肉芽肿病(Churg-Strauss综合征)和结节性多动脉炎，其他结缔组织病如硬皮病、皮肌炎和多发性肌炎可累及胃肠道，出现腹痛、消化不良等症状，可出现不同程度的外周血嗜酸性粒细胞增多。小肠黏膜活检有助于鉴别诊断。
