(一)实验室检查
1、血液检查，80%的病人有外周血嗜酸性粒细胞增多，黏膜和黏膜下层病变实验室检查和肌层病变为主的病人(1～2)×109/L，浆细胞病变为主时，可达8×109/L。还可有缺铁性贫血，血清白蛋白降低，血IgE增高，血沉增快。
2、粪便检查，酸细胞性胃肠炎粪便检查的意义是除外肠道寄生虫感染，有的可见到夏科-雷登(Charcot-Leyden)结晶，便常规检查潜血呈阳性，有些病人有轻中度脂肪泻。Cr标记白蛋白增加，α-抗胰蛋白酶清除率增加，D-木糖吸收试验异常。
(二)其他辅助检查
1、X线检查，嗜酸细胞性胃肠炎缺乏特异性，X线钡餐可见黏膜水肿，皱襞增宽，呈结节样充盈缺损，胃肠壁增厚，腔狭窄及梗阻。
2、CT检查，可发现胃肠壁增厚，肠系膜淋巴结肿大或腹水。
3、内镜及活检，适用于黏膜和黏膜下层病变为主的嗜酸细胞性胃肠炎。镜下可见黏膜皱襞粗大、充血、水肿、溃疡或结节，活检从病理上证实有大量嗜酸粒细胞浸润，对确诊有价值。但活检组织对于肌层和浆膜层受累为主的病人价值不大，有时需经手术病理证实。
4、腹腔穿刺，腹水病人必须行诊断性腹腔穿刺，腹水为渗出性，内含大量嗜酸性粒细胞，必须做腹水涂片染色，以区别嗜酸性粒细胞和中性粒细胞。
5、腹腔镜检查，腹腔镜下缺乏特异性表现，轻者仅有腹膜充血，重者可类似于腹膜转移癌。腹腔镜检查的意义在于进行腹腔黏膜组织活检，得到病理诊断。
6、手术探察，对于怀疑嗜酸细胞性胃肠炎一般不行剖腹探查术来证实，但当有肠梗阻或幽门梗阻或怀疑肿瘤时才进行手术。
实验室检查中外周血白细胞、中性粒细胞计数可正常，影像学检查可见病变部位肠壁增厚等非特异性表现，内镜下可见病变部位劲膜水肿、糜烂等，但上述表现均无特异性，而对疾病诊断有意义的检查则是在结合外周血中EOS计数增加、内镜病理可见EOS浸润局部组织、腹水检查有EOS的浸润、骨髓穿刺检查发现EOS增加.
