诊断
流行季节有腹痛，腹泻及脓血样便者即应考虑菌痢的可能，急性期病人多有发热，且多出现于消化道症状之前，慢性期病人的过去发作史甚为重要，大便涂片镜检和细菌培养有助于诊断的确立，乙状结肠镜检查及X线钡剂检查，对鉴别慢性菌痢和其他肠道疾患有一定价值，在菌痢流行季节，凡突然发热，惊厥而无其他症 状的患儿，必须考虑到中毒型菌痢的可能，应迟早用肛试取标本或以盐水灌肠取材作涂片镜检和细菌培养。
鉴别诊断
(一)阿米巴痢疾：起病一般缓慢，少有毒血症症状，里急后重感较轻，大便次数亦较少，腹痛多在右侧，典型者粪便呈果酱样，有腐臭，镜检仅见少许白细胞，红细胞凝集成团，常有夏科-雷登氏结晶体，可找到阿米巴滋养体，乙状结肠镜检查，见粘膜大多正常，有散在溃疡，本病易并发肝脓肿。
(二)流行性乙型脑炎：本病表现和流行季节与菌痢(重型或中毒型)相似，后者发病更急，进展迅猛，且易并发休克，可以温盐水灌肠并做镜检及细菌培养，此外，本病尚应与沙门氏菌感染，副溶血弧菌食物中毒，大肠杆菌腹泻，空肠弯曲菌肠炎，病毒性肠炎等相鉴别，慢性菌痢应与慢性血吸虫病，直肠癌，非特异性溃疡性结肠炎等鉴别。
