诊断依据
1.临床排除法：凡不符合甲型，乙型，戊型病毒性肝炎诊断标准，并除外巨细胞病毒症状性感染，EB病毒及其他已知原因的肝炎，如药物性肝炎，酒精性肝炎，自身免疫性肝病等，流行病学提示为非消化道感染者可疑似为丙型肝炎。
2.特异性诊断：血清抗HCV阳性，和证实肝脏或肝外组织如唾液腺，脾脏，外周血单核细胞和T淋巴细胞中HCVAg阳性或HCV RNA阳性，均可作出诊断，由于免疫法检测HCV抗体，需要长期连续检测，且近40%的急性丙型肝炎始终检测不到抗HCV，及未标化的多种PCR检测 HCV RNA可存在假阳性，若能抗HCV和HCV RNA同时阳性，或连续HCV RNA 2次阳性的意义更大。
3.确定诊断：凡临床诊断为急性，慢性，重症肝炎或肝炎后肝硬化病例，经病原学或血清学特异性诊断方法确定为丙型肝炎病毒感染的病人才作为确诊病例，儿童中存在一种以上病毒的重叠或合并感染，需要加以区分。
鉴别诊断
1.感染中毒性疾病
由于小儿肝脏的生物转化功能尚不健全，对从体外进入的药物或其他有毒物质，或体内产生的代谢活性物质或终末产物缺乏足够的灭活减毒能力，所以容易发生肝损害和肝功能异常，感染性疾病如败血症，伤寒，传染性单核细胞增多症，钩端螺旋体病，中毒性肝炎，寄生虫病等常并发肝功能异常，因此是原发的肝病还是继发的肝损害乃是临床经常遇到的问题，应注意区别。
2.婴儿肝炎综合征
新生儿肝炎综合征或婴儿肝炎综合征作为临床病名是可以的，但病原学上包括可经母婴传播的乙型肝炎病毒，丙型肝炎病毒(HCV)，庚型肝炎病毒(HGV)，以及巨细胞病毒(CMV)，EB病毒，各种肠道病毒，副黏病毒，单纯疱疹病毒，弓形虫等，要作出明确病原诊断常因各种临床限制而相当困难，好在多数新生儿肝炎的临床经过是良好的。
3.营养性疾病
小儿慢性肝炎的局部症状不明显，有时只有一般健康和生长发育状况不佳，在考虑营养不良等常见病的同时，应对肝脏情况和HBV血清标志物进行检查，另一方面，近年又出现不少营养过剩的肥胖儿童,因肝功能生化检测结果异常而误诊为肝炎的亦不少。
4.代谢性疾病
偶有e抗原阳性母亲的婴幼儿发生重症肝炎，肝功能衰竭的，这时需要与少见的一些先天性代谢异常作鉴别，如酪氨酸血症，瓜氨酸血症，糖原贮积症，半乳糖血症，肝豆状核变性等，患儿也有肝大和肝功能衰竭临床表现，由于急性乙肝病毒重症肝炎的HBsAg常为阴性，更增加乙肝诊断的困难，这时病原学诊断不能依靠HBsAg，此时HBV DNA，抗HBc IgM检测有较大意义。
需综合流行病学特征，临床表现，主要靠特异性诊断的实验方法。
