1.外周血：有感染和全身中毒症状时，外周血白细胞，中性粒细胞增高，可有血小板数量下降等表现。
2.血生化：并发脱水，酸中毒时，常规查血钠，钾，氯，钙，血pH值，尿素氮，肌酐等。
3.尿常规检查：病儿尿中有胎粪成分， 检查的目的需明确以下问题：①畸形的解剖及类型。②骶神经发育情况。③内外括约肌及肛提肌的发育状态。④并存哪些畸形。
4.X线检查： 准确测定直肠闭锁的高度，有无泌尿系瘘，X线检查是不可缺少的，有些病例可根据X线照片膀胱内有气体或液平面而确诊，有人指出，肠腔内有钙化影也是诊断直肠泌尿系瘘的根据，尿道膀胱造影，造影剂往往仅能充满瘘口部，出现憩室样阴影，而进入直肠内的造影剂很少，位于尿道膜部的瘘管较粗时，金属尿管沿尿道后壁插入可通过瘘管进入直肠，瘘管造影可确定诊断，倒置侧位X线平片至今尚有采用者 ，方法是将生后24h的患儿倒置，肛门隐窝处粘一小铅字，铅字与骶前充气直肠盲端的距离即为闭锁的高度，从耻骨联合下缘至尾骨划一直线，即耻骨直肠肌上缘称为耻尾线，X线照片上可见直肠末端的气泡影位于耻尾线的下方，气影高于耻尾线者为高位畸形，但X线照片结果有时有误差。
(1)检查过早(生后24h以内)，婴儿吞咽的气体尚未达到直肠。
(2)倒置时间过短，气体尚未达到直肠。
(3)X线射入角度不合适或在婴儿呼气时曝光。
(4)有瘘患儿直肠盲端不能充盈可造成假象，故目前多不用倒置摄片法，而采用瘘管造影，可以确定瘘管的方向，长度和直肠末端的水平，骶骨平片：在高位肛门直肠畸形的患儿常并发骶尾骨畸形，骶神经和括约肌发育不良，特别是第2椎以下椎体缺如者，术后恢复更差，故患儿作此项检查是有意义的。
5.电子计算机断层扫描(CT)：可以显示肛提肌群的发育状态及走向，也可作为术后随访的参考，正常患儿CT显示耻骨直肠肌似一软组织肿物，前方固定于耻骨，向后与直肠两侧及后壁相连，内外括约肌形成卵圆形肿物，二者难以分开，不同类型的肛门直肠畸形患儿，有其不同的CT显示，如直肠尿道瘘可见耻骨直肠肌包绕尿道及直肠盲端，肛门括约肌位于会阴正下方。
6.B型超声波检查：不受时间限制，检查前可不做特殊准备，该法安全简便，测量的数据可靠，较X线误差小，可重复，患儿痛苦小。
7.磁共振(MRI)：在肛门直肠畸形中的应用，可以观察肛门周围肌群的改变，同时可以判断畸形类型和骶尾椎有无畸形，可从3个方面观察肛周肌群的改变，为了获得清晰影像，检查前可给镇静剂，肛门隐窝内放一标志物，必要时经瘘口注入气体充盈直肠盲端，使影像更清晰。
