1.常见并发症：致低位性肠梗阻患儿常发生脱水酸中毒，重症并发休克，死亡;继发结肠巨大，营养障碍;常并发外阴炎和尿路感染。
2.伴发畸形：伴发畸形的发生率在40%～50%，泄殖腔的分化发育过程发生于胚胎发育的最早期，在胚胎发育的关键时期，任何一个非特异的因素也可同时影响其他器官的发育，因此先天性肛门直肠畸形常同时伴发其他器官的畸形，一般统计高位畸形伴发率高于低位畸形1倍以上，且畸形严重，由于伴发畸形的存在，增加了治疗的难度，伴发畸形中以泌尿系畸形占首位，如肾发育不良，单侧或双侧肾积水，输尿管积水等，其他器官畸形如食管闭锁发生率可达6%～7%，先天性巨结肠占2%～3%，骨骼畸形中以半椎体，椎体融合多见，心血管畸形如室间隔，房间缺损等约7%左右，根据多伦多儿童医院统计，先天性肛门直肠畸形患儿伴发的畸形中，除泌尿系畸形最多外，51%为骨骼畸形，心脏，神经，消化道畸形，国内学者报道，高位和中位先天性肛门直肠畸形的患儿耻骨直肠肌及肛周组织中的神经末梢发育不良，密度减少，在耻骨直肠肌中有一定数量的肌梭，另外先天性肛门直肠畸形儿的骶髓形态和前角内侧群运动神经元的数量也存在着异常的改变。
3.术后并发症：本症于术后常见并发症如下：
(1)直肠黏膜外翻：多在术后3个月内发生，随瘢痕软化，肛门括约肌功能不良轻者可恢复，严重者需再次手术切除。
(2)肛门狭窄：为预防狭窄，术后需坚持扩肛1～1.5年，严重狭窄者应考虑再次手术。
(3)便失禁：高位肛门直肠畸形术后多见，较难恢复，应早期进行术后排便训练。
(4)便秘：早期可因手术创伤疼痛引起，晚期多因肛门狭窄或直肠回缩形成管状狭窄引起，少数患儿系合并有直肠乙状结肠无神经节细胞症，以上情况经保守治疗如：扩肛，洗肠无效者，需根据具体情况进行不同的手术治疗。
