绝大部分的遗传性代谢性疾病无有效的治疗方法，因此预防更为重要，遗传性代谢性疾病产前诊断(antenatal diagnosis of hereditary metabolic disease)是防止遗传病发生的有效措施之一，通过测定培养羊水细胞或绒毛膜绒毛组织酶活性，或羊水中甲基枸橼酸水平可进行产前诊断。
自20世纪60年代开始用经腹壁羊膜腔穿刺术于产前诊断以来，产前诊断技术发展很快，继之经胎儿镜取胎儿血标本及经宫颈，经腹壁取绒毛，近年来正在发展一种非损伤性产前诊断技术，从孕妇外周血中富集，分离胎儿有核红细胞，可将来源于胎儿的细胞进行间期核荧光原位杂交(FISH)进行染色体数目异常检测，或提取DNA进行PCR扩增后通过连锁分析或直接检测突变的方法进行产前基因诊断。
羊膜腔穿刺术(amniocentesis)可于妊娠中期17～20周通过腹壁进行，羊水细胞是胎儿脱落的上皮细胞，经培养后可做酶活性测定或基因分析，此方法造成的胎儿丢失率为0.5%，至今仍然是产前诊断的一个重要手段。
绒毛来自胚胎滋养层，可于妊娠10～12周，通过腹壁吸取绒毛，可用于酶活性测定或基因分析，优点是比羊膜腔穿刺提前了2个月，不必培养，可较早获得产前诊断结果，一旦胎儿患病，孕妇可及时选择人工流产，后续操作比较容易进行，而且可早日解除孕妇的心理负担。
按检测方法可分为代谢产物的测定，酶活性测定及基因分析。
1.代谢产物的测定
可用羊水进行分析。
2.酶活性测定
遗传代谢病中多数为酶缺陷所致，因此可用经培养的羊水细胞或绒毛用酶活性测定的方法来做产前诊断，首先要将羊水细胞经培养后达100万时收获再测酶活性，或直接测绒毛中酶活性，但有些酶不在羊水细胞或绒毛中表达，产前诊断时要有一份正常标本(羊水或绒毛)做对照，若能有过去保留的阳性标本做阳性对照则更好，基因已分离或定位的疾病，可做产前基因诊断。
3.基因诊断
可用直接检测法，多态性连锁分析法。
产前诊断的先决条件是对先证者做出准确的诊断，母亲再次妊娠时才可能在产前诊断时有目的地查某种酶或某种基因检测，由于溶酶体贮积症病情严重，多数疾病无有效治疗方法，预后不良，患儿的出生给社会和家庭带来沉重的经济和精神负担，这种疾病原无有效治疗方法，但多数可在产前清楚判明胎儿是否患病，有的还可在孕早期做出产前诊断，在优生上具有“预防”的意义，因可在临床上根据明确的产前诊断结果阻止胎儿出生，它不仅是惟一可行的优生措施，而且能减轻家庭及社会的负担，提高人口素质。
