潜伏期1周至6个月，典型损害为受感染局部表皮细胞增生形成的丘疹，直径2～8mm，单发或多发，圆形或半球形，有蜡样光泽，中心脐凹状，并含有干酪样栓塞物，丘疹呈肉色或粉红色，初期质地坚硬，成熟变软，可挤压出干酪样物，临床可分两个类型：
①儿童型：通过皮肤直接接触或经传染媒介受感染，软疣见于面部，躯干及四肢。
②成人型：可为性传播，软疣多见于外生殖器、臀部、下腹部、耻骨部及大腿内侧区、肛交者发生于肛门，Lynch报道55例这样的病例，是从越南和朝鲜回美国的军人，他们在该国曾有嫖娼史。
皮损可发生于除掌跖外的任何接触部位，也可出现于唇、舌及颊粘膜、结膜等，结膜损害可伴有反应性结膜炎或角膜炎，少数损害异常巨大，称为巨型软疣。有的可角化而像小的皮角，称为角化性软疣。一般无自觉症状。
感染HIV的病例，传染性软疣的发病率增加，而且软疣广泛播散和出现大的损害，有报道AIDS病人面部有巨大的软疣，易与基底细胞上皮瘤混淆。此外，曾报道两例广泛的，急性的，数百个软疣的病人，有接受免疫抑制剂。强的松龙和氨甲喋呤台疗史，认为发病与其免疫抑制有关。
本病属自限性，一般持续数月至数年。
