最轻者可长期无任何症状，不少患者仅表现轻度的上呼吸道感染，也有的患者发生各种伴发病，特别是自身免疫病，过敏性疾病，反复感染等，诊断年龄自6个月～12岁，与国外相比，神经系统疾病，自身免疫病及过敏性疾病的发生率相对少见，而呼吸道感染和肠道疾病则较多见。
呼吸道感染症状可能在婴幼儿期开始，部分患儿可持续到青春期，此后有所缓解，还有一些患者在成人期开始出现症状，甚至可推迟至50～60岁才发病。
部分病例存在胃肠道症状，如腹泻和吸收障碍，小肠活检可发现黏膜固有层中几乎都是IgM浆细胞，而缺乏IgA浆细胞，本症可伴发溃疡性结肠炎，节段性小肠炎，萎缩性胃炎，胃溃疡，肠淋巴管扩张症，肠道贾第虫感染，胰腺炎和肝炎等。
约50%的病例伴有自身免疫病，慢性活动性肝炎，系统性红斑狼疮，皮肌炎，类风湿性关节炎，结节性动脉周围炎，慢性甲状腺炎，混合结缔组织病，特发性肾上腺皮质功能低下症，自身免疫性溶血性贫血和特发性血小板减少性紫癜等，常见有自身免疫现象(仅有自身抗体，而无症状)，包括抗IgA抗体，抗IgG抗体，抗IgM抗体，抗甲状腺球蛋白抗体，类风湿因子，抗核抗体，抗脱氧核蛋白抗体，抗平滑肌抗体，抗线粒体抗体，抗基底膜抗体，抗壁细胞抗体等。
有些患者伴有智能低下和感觉神经异常，与原发性癫痫也有密切关系，还可伴发哮喘或荨麻疹，约10%的欧美哮喘患者为选择性IgA缺乏症。
输注含IgA的血浆，全血或IVIG(含微量IgA)可使病儿致敏，产生高浓度抗IgA抗体，当再次输注含IgA的血制品时，则可发生严重过敏反应，包括过敏性休克，既往并无输注历史者也可发生过敏反应，这可能与母子胎盘输注和喝牛奶造成的对IgA致敏有关。
选择性IgA缺陷患者有时伴发恶性肿瘤，如肺癌，胃癌，结肠癌，直肠癌，乳腺癌，卵巢癌，子宫癌，胸腺瘤，白血病和淋巴瘤等。
