维生素B12的吸收减少是主要的病理生理病因机制,可由几种因素之一所造成,维生素B12缺乏性贫血常用的代名词是恶性贫血,经典的恶性贫血指内因子分泌丧失导致B12缺乏所引起的,在盲曲(盲袢)综合征(因细菌利用维生素B12)或鱼绦虫感染时可能发生争夺可利用的维生素B12及内因子分裂现象。
回肠吸收部位先天性缺失也可能由于炎症性局限性肠炎或手术切除而受到破坏,造成维生素B12吸收减少的较少见的原因有慢性胰腺炎,吸收障碍综合征,以及使用某些药物(例如口服钙螯合剂,氨基水杨酸,双胍).维生素B12摄入不足(素食者)。
维生素B12代谢增强,在老年人维生素B12缺乏十分常见的原因是上述任何机制以外的与食物结合B12的吸收不足,纯B12是可吸收的,而与食物结合的B12是难以使之释放和吸收的。