中毒占12.3%，感染指出生前，后的脑部感染，如风疹，巨细胞病毒，弓形体，单纯疱疹病毒及其他多种病毒感染，中毒包括高胆红素血症，毒血症，铅中毒，酒精中毒以及长期服用过量的苯妥英钠或苯巴比妥等药物。
分娩时都可因物理或机械因素造成脑损伤，如产伤，颅脑外伤，围产期或生后缺血缺氧也可损害脑组织，如孕妇严重失血，贫血，心力衰竭，肺部疾患和新生儿窒息，颅内出血等，以及溺水，麻醉意外，癫痫持续发作后的脑缺氧。
营养和内分泌疾患 占5.8%，体内氨基酸，碳水化合物，脂肪，粘多糖，嘌呤等物质代谢出现障碍都可影响神经细胞的发育及功能，如苯丙酮尿症，半乳糖血症，生前，生后营养不足特别是蛋白质，铁等物质缺乏将会使胎儿，婴儿的脑细胞数目形成减少或功能低下，内分泌疾患也要影响智力发育，如甲状腺功能低下。
染色体畸变包括常染色体或性染色体的数目或结构改变，如先天愚型，18三体综合征，C组三体综合征，猫叫综合征，脆性X综合征，先天性睾丸发育不全综合征，先天性卵巢发育不全综合征。
患儿没有脑的器质性病变，主要由神经心理损害和感觉剥夺等不良环境因素造成，如严重缺乏早期合适刺激和教育。
