(一)发病原因
约99%的肛周脓肿的发生与肛腺感染化脓有关，正常肛腺大部分位于肛门内外括约肌之间，开口位于肛隐窝，当粪便和细菌通过开口进入肛腺时可引发肛窦炎及肛腺炎症，这些炎症可扩散到肛管直肠周围组织形成肛周脓肿，肛管直肠周围存在的各间隙通常由脂肪组织和淋巴组织填充，组织疏松，感染时脓肿多发生在这些间隙，其他的病因还包括损伤，异物，直肠炎，皮肤疾病等。
但应指出有些病灶其感染并不来源于肛腺，如有些肛管直肠周围脓肿可直接来源于肛裂，血栓性外痔破裂，脱垂性血栓性内痔，内痔或直肠脱垂药物注射后，也可来源于肛周皮肤感染，败血症，血液疾患或直接外伤，少数病例还可来源于结核，溃疡性结肠炎或克罗恩病等。
(二)发病机制
1.病理：肛管直肠周围感染可分为3个阶段：①肛腺感染阶段;②肛管直肠周围脓肿阶段;③肛瘘形成阶段。
肛腺感染后在内外括约肌之间生成脓肿，然后沿联合纤维向各方面蔓延，发生各类脓肿，向下达肛周皮下形成肛周皮下脓肿;向内至肛管皮下组织内形成脓肿或破溃;向外穿过外括约肌至坐骨直肠窝形成坐骨直肠窝脓肿，有时继续向上穿过肛提肌形成骨盆直肠间隙脓肿，脓肿可围绕肛管及直肠的下部由一侧蔓延到另一侧形成马蹄形脓肿。
2.分类：
(1)按感染病菌分类：
①非特异性肛周脓肿：由大肠埃希杆菌，厌氧菌等混合感染引起。
②特异性感染：临床较为少见，以结核性脓肿为主。
(2)按脓肿部位分类：
①肛提肌下脓肿(低位脓肿)：包括肛周皮下脓肿，坐骨直肠间隙脓肿，低位马蹄形脓肿等。
②肛提肌上脓肿(高位脓肿)：包括骨盆直肠间隙脓肿，直肠后间隙脓肿和高位马蹄形脓肿等。
(3)按脓肿的最后结局分类： Eisenhammer(1978)将肛管直肠周围脓肿分成瘘管性脓肿及非瘘管性脓肿2大类：
①非瘘管性脓肿：凡与肛窦，肛腺无关，最终不残留肛瘘者，均属非瘘管性脓肿。
②瘘管性脓肿：即为经肛窦，肛腺感染而致，最后遗留肛瘘者。
