本病的一般表现是，患者先感肛门处坠胀痛或刺痛，可扪及一硬块，压痛，继之疼痛加重，痛性肿块增大，并可出现畏寒，发热，在3～5天后局部可形成脓肿，低位脓肿局部症状重而全身症状轻;高位脓肿全身症状重而局部症状轻，脓肿可自行向肛管直肠内破溃自发排出脓液，排脓后疼痛缓解，全身症状好转或消失，形成肛瘘以后脓肿可反复发作。
由于脓肿发生部位不同，其症状体征也各有特点：
1.肛周皮下脓肿
占肛管直肠周围脓肿的40%～45%，位于肛门，肛管下部的皮下组织内，上方由筋膜与坐骨直肠间隙分隔，多发生于肛门后侧方，肛门区肿胀疼痛是本病的主要症状，检查时可见局部红肿，压痛及痛性硬块，化脓后有波动感，自行穿破者可见破口及脓液，本病诊断较易，如疑有脓肿形成，作穿刺即可证实。
2.坐骨直肠窝脓肿
占肛周脓肿的15%～25%，位于坐骨直肠窝内，坐骨直肠间隙呈楔形，在肛提肌与坐骨之间，底向下是肛门和坐骨结节之间的皮肤，尖向上在闭孔内肌筋膜与肛提肌的膜连接处，炎症初起时常觉肛门部不适或微痛，继之出现全身症状，如头痛，体温升高，脉搏加快，畏寒等，同时局部疼痛加重，坐卧不安，排便时疼痛尤重，有排尿困难，里急后重，查体时可见肛门旁肿胀，皮肤紫红变硬，指诊可扪及坐骨直肠窝饱满隆起，触痛，早期作坐骨直肠窝穿刺是发现脓肿的最简单有效办法。
3.骨盆直肠间隙脓肿
约占肛周脓肿的2.5%～9%，骨盆直肠间隙位于盆腔内，下为肛提肌，上为盆腔腹膜，后有直肠和侧韧带，前方男为膀胱和前列腺，女为子宫和阔韧带，脓肿发生后主要表现为全身中毒症状，肛门局部表现不明显，指诊在肛提肌上方可摸到肿胀和触痛，由于感染位置较深，早期诊断不易，故对全身性感染中毒症状，乃至感染性休克而找不到病灶者要考虑本病可能，B超或CT检查可帮助诊断。
4.马蹄形脓肿
马蹄形脓肿是在肛门，肛管后方及两侧蔓延的脓肿，多数在后方，由后中肛腺感染所致或一侧脓肿向对侧蔓延所致，可分为高位马蹄形脓肿和低位马蹄形脓肿，临床表现除全身感染症状外，局部表现为肛管后方肿胀及触痛，后期破溃流脓。
