先天性因素(35%)：
胚胎时期，女性生殖道的前身——米勒管属于左右对称的双侧性管道，以后通过中线融合，中隔吸收等一系列步骤，最终在中线上形成单一的子宫体，子宫颈和阴道，而仍保持左右各一的输卵管，这一过程大约从胚胎5周起，直至16周完成，在此期间，如果由于致畸因素的影响，妨碍上述过程的进展，即可导致不同程度的双子宫双宫颈及阴道畸形的发生。
发病机制
阴道斜隔的非对称性畸形的发生目前具体的机制尚不明了，米勒管与中肾管的发生密切联系，米勒管的发育有赖于中肾管的发育，中肾管发育受阻，米勒管的发育也会异常，从而形成肾脏，输尿管和阴道发育的一系列非对称畸形，阴道斜隔的病变分为以下3种类型：
1.Ⅰ型 ：无孔型斜隔，斜隔上没有孔。
2.Ⅱ型： 有孔型斜隔，斜隔上有一个小孔，往往会有隔后腔的引流不畅。
3.Ⅲ型 ：无孔斜隔合并宫颈瘘管，两侧宫颈之间或隔后腔与对侧宫颈之间有瘘管形成，也会有引流不畅。
发病机会以Ⅱ型为最高，占50%左右。
