诊断要点在于对本病的认识，如果对阴道斜隔综合征没有一个概念，则术前诊断几乎不可能，诊断的难点在于症状上的矛盾，这类畸形存在不同程度的梗阻，但因为 有一侧正常的子宫及阴道，会有正常的月经周期，从而掩蔽了梗阻的存在，1985年以前文献报道的病例误诊率很高，大约80%误诊而行开腹探查手术，如果对 此病有充分的认识，诊断并不困难，加之近年来B超检查的精细准确，可提示双子宫双宫颈及一侧子宫颈的扩张积血，并提示同侧肾脏的缺如，这些对于确诊非常重要。
主要是和阴道壁囊肿穿孔感染及盆腔肿物相鉴别，流脓的阴道壁囊肿和Ⅱ型斜隔局部症状相同，但通过B超检查泌尿系肾脏情况不难鉴别，卵巢肿物也会嵌顿在盆腔底部，但不同与斜隔引起的肿物那样和阴道壁连成一体并可造成阴道移位变形。
