多认为是鼻窦自然开口完全堵塞，窦内分泌物积留，以致逐渐形成粘液囊肿。亦有报告虽无窦口阻塞，而仍有囊肿存在者。据近年来研究，本病是鼻窦粘膜分泌物蛋白含量过高所产生的一系列生物化学和免疫反应所致。
渗透压高即窦内分泌物渗透压增高，吸收水分，导致窦内压力随之增高，进而压迫骨壁。粘液囊肿壁即囊腔膜因受压而变薄，纤毛柱状上皮变为扁平形，粘膜下层可见炎性细胞浸润，有时呈现息肉或纤维性变。囊肿内容为淡黄、棕褐或淡绿等色的粘稠液体，内含胆固醇。鼻窦骨壁变薄或破坏。
同时骨髓中破骨细胞被前列腺素、甲状旁腺素和淋巴细胞的破骨细胞激活因子所作用，致使骨壁破坏。本病多发生于额窦和筛窦，蝶窦者较少，上颌窦者最少。巨大的鼻窦粘液囊肿可侵入眶内和颅内。本病晚期常并发感染，可转化为脓囊肿，其破坏性更大，可引起脑膜炎，脓脊液鼻漏或海绵窦血栓等。
