粘液囊肿继发感染后，则成为脓囊肿。在蝶窦和额窦囊肿中，如窦壁骨质吸收破坏，可向颅内扩展，易并发各种颅内感染(如硬脑膜外脓肿、硬脑膜下脓肿、脑脓肿)。额窦囊肿如自行破裂引流，可形成额窦含气囊肿和脑积气。亦有报告巨型鼻窦粘液囊肿，手术后并发脑脊液鼻漏和脑疝者。
