真菌病的诊断相当困难，因真菌病多为继发感染，临床上的症状及体征常为原发病的表现，取痰或分泌物做涂片或培养，查到的真菌未必是致病菌，病人在同时或先后常夹杂细菌病毒等感染，临床表现复杂，易误诊或漏诊，须结合临床有关材料，主要是具有“机会感染”因素的病人，如长期大量使用广谱抗生素，免疫抑制剂，抗癌药等，痰，胸腔积液，脓中找到真菌孢子和(或)菌丝，及抗原皮肤试验，血清学检查有助于证实诊断。
因肺真菌病临床及X线表现无特异性，易与肺常见疾病，如结核，肺炎纤维化及慢性支气管炎等相混淆。
