应注意与急性阑尾炎，胆道蛔虫症，急性胰腺炎，肝脓肿及急性传染性肝炎加以鉴别，急性胆囊炎，胆管炎伴发腹膜炎时，应与其他原因引起的腹膜炎如阑尾炎，胰腺炎及消化道穿孔(如伤寒肠穿孔)等鉴别，除一般病史，体征及X线检查外，超声波可测知胆囊大小及囊壁是否粗糙增厚，腹腔穿刺检查也有助于诊断。
1.急性阑尾炎：小儿的盲肠位置相对较高，部分阑尾伸向右上腹部，高位阑尾炎时，可表现右上腹压痛，肌紧张，易与急性胆囊炎相混淆，除临床表现外，超声检查有助于鉴别。
2.胆道蛔虫症：常有吐虫或便虫史，表现为阵发性右上腹剧痛，腹部体征轻微，且在疼痛缓解期，病儿无任何不适感，胆囊炎表现为持续性腹痛，并有高热，黄疸等表现。
3.急性胰腺炎：小儿急性胰腺炎少见，部分病儿有外伤或肠蛔虫症史，临床表现上腹或上腹部偏左持续性疼痛，亦有高热，恶心，呕吐，胰腺区域有明显压痛，白细胞可高达20×109/L以上，血，尿淀粉酶含量增高为鉴别诊断的重要依据。
4.肝脓肿：有高热，肝区疼痛，右上腹痛性包块，肝脏肿大及明显触痛等征象，超声波可探及肝内液平段;X线检查示膈肌升高和活动受限，部分病例可出现右肺或右胸膜腔炎。
5.急性传染性肝炎：病毒性肝炎有肝炎接触史，病儿腹部闷胀，食欲不振，乏力，低热，巩膜黄染，右季肋下可触及肿大的肝脏，并有轻度触痛，肝功能异常，腹部平坦柔软，无反跳痛，白细胞计数可不增高且有肝功能异常。
