在流行区，由于人们普遍对本病有所认识，根据临床表现等很容易确诊，但在非流行区易导致误诊，依据流行病学资料，临床症状和体征，结合实验室检查及影像学检查可明确诊断。
鉴别诊断
1.病毒性肝炎 需与华支睾吸虫感染早期表现相鉴别，病毒性肝炎早期即可有黄疸，肝脏弥漫性肿大，肝功能损害，肝功能检查，血清免疫学检查，粪虫卵检查可达到明确诊断目的。
2.单纯消化不良 二种疾病均有消化不良症状，根据病史，粪虫卵检查，免疫学检查排除华支睾吸虫感染。
3.阿米巴肝脓肿 发病前有痢疾或腹泻史，然后有发热，肝区痛，大便找到阿米巴滋养体，B超或CT显示肝内有液性占位，肝穿刺见典型的巧克力样脓液。
4.肝片形吸虫病 肝片状吸虫(fasciola hepatica)寄生在草食类家畜和野生动物的肝脏内，主要终宿主为牛，羊，猪，人偶然感染，主要是食用了含该虫囊蚴的水生植物，如水芹菜或饮用被囊蚴污染的生水，本病与华支睾吸虫相似，鉴别主要依靠虫卵检查。
5.肝吸虫与异形吸虫(heterophyes)的混合感染或异形吸虫单独感染 该病在我国已有发现，异形吸虫的生活史与华支睾吸虫的生活史相似，但此虫主要寄生于肠道黏膜深处，可随血流侵入人体其他脏器造成局部栓塞与异位损害，异形吸虫的虫卵与华支睾吸虫的虫卵形态，大小极为相似，应注意鉴别。
