诊断
诊断的目的有以下几个方面，即患者是处于现症感染还是属于以往感染过;是埃及血吸虫病还是曼氏血吸虫病;确定是活动期还是非活动期;明确感染度;评价后遗症的严重度以及并发症情况。
鉴别诊断
1.急性肾盂肾炎
也表现为发热，腰痛，疲乏无力，食欲不振等全身症状及尿路刺激症状，但病人无疫水接触史，体检肾脏大小正常，尿常规检查有脓细胞和大量白细胞而找不到虫卵。
2.肾阿米巴病
也表现为尿频，尿急，尿痛伴寒战，高热，但可有米汤样尿，果酱样尿，且肾区持续性钝痛或剧痛，在尿中可找到阿米巴滋养体或包囊而无虫卵。
3.肾结核
也表现为反复的尿频，尿急，脓尿，血尿伴有低热和消瘦，但病人常同时有肺结核病史，红细胞沉降率(血沉)加快且尿沉渣涂片抗酸染色可发现抗酸杆菌，但在尿中找不到虫卵。
4.输尿管结石
有典型的肾绞痛，肾积水等输尿管梗阻征象，须与血吸虫病输尿管病变引起的肾绞痛，肾积水相鉴别，病人多有肾结石病史和排石史，大多突然发病，尿液检查有红细胞，但找不到血吸虫虫卵，X线或B超检查多可发现输尿管内密度增高影或光团，无输尿管狭窄改变。
5.急性膀胱炎
亦有尿频，尿急，尿痛，血尿及耻骨上区胀痛症状，与血吸虫病膀胱病变有相似之处，但常于劳累，受凉后发病，不伴有肾，输尿管积水及膀胱缩小，病人无疫水接触史，尿常规找不到血吸虫虫卵，膀胱镜检查黏膜无增厚，溃疡，无虫卵肉芽肿及息肉等病变，膀胱黏膜活组织检查可提供鉴别依据。
6.膀胱阿米巴病
也表现为血尿，有尿频，尿急，尿痛，但包虫病病人可有米汤样尿，果酱样尿，在尿中可找到阿米巴滋养体或包囊而无虫卵。
7.膀胱结核
有尿频，尿急，尿痛及血尿症状，晚期可伴有肾，输尿管积水和膀胱挛缩征象，与血吸虫病膀胱病变十分相似，但病人常有结核病史，无疫水接触史，膀胱刺激症状呈进行性加重且伴脓尿，连续尿沉渣涂片抗酸染色可发现抗酸杆菌，X线，B超，CT等检查显示一侧肾结核病变，膀胱镜检查可发现结核结节。
