本病主要并发症包括输尿管梗阻引起的上尿路积水，感染和结石以及膀胱挛缩和生殖系统病变。血吸虫卵可以随着血液循环系统进入脑和脊髓产生异位损害，可并发严重的神经系统并发症;经侧支循环进入肺的虫卵可并发肺动脉炎，甚至肺源性心脏病。
