诊断
SID发病完全依赖原发疾病或不利的环境因素的状况，因而反复或慢性感染可发生于任何年龄，免疫缺陷病表现千变万化，临床医师应根据一些普遍规律进行有目的的筛查，以下常出现的共同表现是筛查的重要线索：
1.免疫缺陷病的一般性临床表现
简略归纳如下：
(1)最常见的临床表现：反复呼吸道感染，严重细菌感染，持续性感染，对抗感染治疗效果不显。
(2)常见的临床表现：生长发育滞缓，多次机会感染，皮肤病变(皮疹，脂溢性皮炎，脓皮病，脓肿，秃发，湿疹，毛细血管扩张，病毒疣)，顽固性鹅口疮，腹泻和吸收不良，慢性鼻窦炎和乳突炎，复发性支气管炎和肺炎，自身免疫反应的证据，淋巴结和扁桃体缺如，血液学异常(再生障碍性贫血，溶血性贫血，血小板减少性紫癜，中性粒细胞减少)。
(3)较少见的临床表现：体重下降，发热，慢性结合膜炎，牙周炎，淋巴结肿大，肝脾肿大，严重病毒感染，慢性肝病，关节痛或关节炎，慢性脑炎，复发性脑膜炎，皮肤化脓性坏疽，胆道炎或肝炎，疫苗接种扩散，支气管扩张，尿路感染，脐带脱落延迟，慢性口腔炎。
2.反复或慢性感染
反复和慢性感染是免疫缺陷病最常见表现，患儿常需持久用抗生素，感染以呼吸道最多见，如复发性或慢性中耳炎，鼻窦炎，支气管炎或肺炎;其次是胃肠道感染;皮肤感染可为脓疖，脓肿或肉芽肿，也可见全身感染，如脓毒血症，败血症，脑膜炎和骨，关节炎。
一般规律是，抗体缺陷易发生化脓性感染，T细胞缺陷时则易发生病毒，真菌或原虫感染，补体成分缺陷好发生奈瑟菌素感染，中性粒细胞缺陷时病原体常为金黄色葡萄球菌，在免疫缺陷病人中感染的病原菌毒力往往不强，常为机会感染，多数病人感染后治疗效果不好，用抑菌剂效果更差，必需使用杀菌剂，且剂量大，疗程长。
3.肿瘤和自身免疫性疾病
免疫缺陷病病人易患自身免疫性疾病和肿瘤，SID较PID患者并发自身免疫病及肿瘤的机会较少。
病人如果具有可以引起SID的某些疾病和因素，特别是当表现有对感染易感性增加的某些临床特点时，应怀疑有SID的存在，感染的易感性增加未必都是免疫缺陷，因此需进一步做相应的免疫功能检查，以确定有无免疫缺陷以及属于免疫系统哪一方面的缺陷。
鉴别诊断
应注意与原发性免疫缺陷病鉴别，SID与原发性免疫缺陷病(PID)的重要区别在于：
1.SID常为免疫系统多环节受损
PID几乎都是特定的单基因缺失，导致相应的免疫活性细胞或免疫分子受损，表现出这种功能的完全缺失，且为不可逆的改变;而SID常为免疫系统多环节受损，但受损程度较PID轻，仅为部分功能受损，表现为免疫功能低下(immunocompromise)。
2.SID为后天环境因素引发
PID系关键位基因突变，除非免疫重建，否则其免疫功能缺陷将为终身性，SID为后天环境因素致免疫功能缺陷，虽也能影响基因表达，但仅系基因不完全性表达障碍，去除不利因素之后，免疫功能将可能恢复正常。
