1.ESR可升高;α2-球蛋白及γ-球蛋白及免疫球蛋白，抗核抗体也常升高。
2.血脂在伴有甲状腺功能减退时，血清总胆固醇及低密度脂蛋白胆固醇升高，也可伴有高密度脂蛋白胆固醇降低及三酰甘油水平升高。
3.甲状腺摄碘率正常，降低或增高;取决于残存甲状腺功能及TSH水平。
4.过氯酸钾释放实验50%～75%阳性，提示碘有机化障碍。
5.血浆蛋白结合碘(PBI)增高，常与T4不成比例。
6.甲状腺功能状态取决于淋巴细胞浸润程度及滤泡细胞增生情况，早期一般功能正常，有些已有TSH升高，以维持基本正常的血清甲状腺激素浓度，但TSH对TRH给药呈过度反应，说明存在亚临床性甲状腺功能失调，后期随着甲状腺的进一步破坏，T3，T4降低。
7.甲状腺自身抗体TGAb，TPOAb呈高滴度存在于血循环中，TPOAb较TGAb更常见，且滴度更高，持续时间更长，年轻病人典型慢性淋巴细胞性甲状腺炎可仅存低滴度抗体，RIA双抗体法常>50%，酶联免疫吸附实验(ELISA)及酶免疫检测(EIA)方法测定，60%～66%慢性淋巴细胞性甲状腺炎病人TGAb阳性，TPOAb阳性80%～95%，但久病则无明显升高，萎缩性甲状腺炎多数病程较长，80%测不到甲状腺自身抗体，其他甲状腺自身抗体也可轻度升高，TSAb阳性率为14.2%，合并Graves病可明显增高，TSBAb阳性率37.7%。
8.细胞因子IL-4重复性好，具有特异性，不受其他IL，激素，乳酸等的影响，慢性淋巴细胞性甲状腺炎时增高，治疗后下降，未治疗的慢性淋巴细胞性甲状腺炎病人IL-8水平增高。
9.由于碘蛋白的释放增加，血中Tg可增高。
10.其他激素如降钙素(CT)水平在萎缩型患者降低，伴有甲状腺功能减退症时更加明显，慢性淋巴细胞性甲状腺炎病人明显甲状腺功能减退时42.4%PRL水平增高，其中近1/5 PRL水平>60mg/L。
其他辅助检查：
1.放射性核素检查，对高度怀疑本病者一般不需核素检查，一般表现为甲状腺增大，碘分布不均匀或呈“凉”，“冷”结节改变，因之缺乏特异性，与其他甲状腺疾患很难鉴别，局部碘积聚的丧失，标志甲状腺病变严重的部分，MIBI扫描表现“冷结节”可基本除外恶性结节，而高MIBI摄取则分化性滤泡型甲状腺癌的可能性极大，在99mTc扫描后第2次结合MIBI扫描对恶性结节的诊断率可提高7.8倍，201Tl扫描具有敏感性高而特异性低的特点，对良，恶性甲状腺结节的鉴别不具优越性。
2.超声检查特异性不高，呈弥漫性或结节性甲状腺增大，18%～95%伴有弥漫性低回声，采用10MHz高频可发现3mm结节。
3.甲状腺细针或粗针病理学检查对临床诊断不肯定及有同位素检查“冷结节”的病人有帮助，特别是对于自身抗体阳性的病人可避免不必要的手术治疗，对慢性淋巴细胞性甲状腺炎，第一次细针穿刺细胞学检查的正确率为92%，细针穿刺细胞学检查对鉴别甲状腺良，恶性结节的准确性为85.9%，对高级别的原发性甲状腺恶性淋巴瘤有诊断可能性，但由于缺乏非典型的核特征而难于对低等级的恶性淋巴瘤作出诊断，对增生滤泡细胞结节及滤泡腺瘤也很难通过细胞学检查作出鉴别，此时需进行粗针甚至开放活组织检查。
4.流式细胞仪或免疫型β-细胞特异性单克隆抗体的使用有助于确定淋巴细胞的克隆数量而提示淋巴瘤的诊断，最近有人使用半定量针吸活检-逆转录(RT)-PCR(ABRP)技术探测单克隆Ig重链mRNA诊断甲状腺恶性淋巴瘤获得成功，其诊断的特异性为100%，敏感性为44.4%。
