1.病原学检查
鼻咽拭子涂片作姬姆萨染色可见病原体呈碘染的胞浆内包涵体，对诊断的敏感性只有35%左右;采用细胞培养作病原体分离，目前认为McCoy细胞培养并用荧光抗体染色是金标准，诊断的敏感性为70%～80%，特异性达90%以上。
2.血清学检查
微量免疫荧光法测得单份血清CT或CPN，特异IgMCT-IgM≥1∶64，CPN-IgM≥1∶16或CPN-IgG≥1∶512或双份血清检查抗体滴度上升≥4倍，提示急性期感染，如IgG≥1∶16但<1∶512，提示既往感染。
3.PCR检测特异性DNA PCR法快速，简便，敏感而特异。
4.X线检查：
CT肺炎：可见弥漫性间质性病变及斑片状肺浸润伴肺气肿。
CPN肺炎：多为单侧节段性浸润，下叶及周边多见，少数可有双侧病变，重症可伴发胸腔积液，肺部体征和X线所见往往经过1个多月才消失， 鹦鹉热衣原体肺炎表现为由肺门向外放射的浸润病灶，常侵及两肺下叶，呈弥漫性间质性肺炎或支气管肺炎改变，偶见粟粒样结节或实变灶，或有胸腔积液征象。
