据进食可疑食物，共食者集体发病和临床表现等可作出初步诊断，变形杆菌食物中毒可能由于食品中所含菌型的不同，数量多少，代谢产物的不同，而出现不同的症状，常见有胃肠炎型和过敏型，或同一病人两者均有。
1.胃肠炎型 潜伏期3～20h，起病急骤，恶心，呕吐，腹痛，腹泻，腹泻为水样，带黏液，恶臭，无脓血，一天数次至十余次，有1/3～1/2患者胃肠道症状之后，发热伴有畏寒，持续数小时后下降，严重者有脱水或休克。
2.过敏型 潜伏期1/2～2h，表现为全身充血，颜面潮红，酒醉貌，周身痒感，胃肠症状轻，少数患者可出现荨麻疹。
由于变形杆菌可寄生在正常人肠道，食物也可被变形杆菌污染，故凡疑变形杆菌中毒时，应取可疑食物，呕吐物和粪便作细菌培养，可分离出同型变形杆菌，分离出的变形杆菌，必须作血凝试验，才能确认，普通变形杆菌对OX19，奇异变形杆菌对OXK的凝集效价应在4倍以上增长者，才能肯定诊断，如作间接血凝试验，灵敏度可提高2～16倍，近年来应用变形杆菌对尿素(urea)，苯丙氨酸(phenylalanine)，硫化氢(hydrogen sulfide)的生化特性建立了快速同步定性定量检测方法-UPS法，正确鉴定率为100%，灵敏度是以往蔓延生长观察法的100倍，报告时间由以往4～15天减少至4～24h，且精密度高，特异性强，不受检样种类和其他因素的影响。
