FD的病因和发病机制尚未完全阐明，可能与下列多种因素有关。
1.运动障碍 功能性消化不良患者近端胃适应性舒张功能受损，顺应性下降，致使餐后胃内食物分布异常，引起餐后饱胀、早饱等。FD患者还存在移行性复合运动（MMC），Ⅲ期出现次数减少、Ⅱ期动力减弱及胃十二指肠反流等。
2.内脏高敏感性 FD患者对胃扩张刺激产生不适感的严重程度明显高于健康对照者，表明FD患者存在内脏高敏感。内脏高敏感可解释患者餐后出现的上腹饱胀或疼痛、早饱、体重下降等症状。
3.胃酸分泌：虽然FD患者基础胃酸分泌在正常范围，但刺激引起的酸分泌增加，临床上患者的酸相关症状，如：空腹时上腹不适或疼痛、进食后减轻以及抑酸治疗有效均提示其症状与胃酸的关系。
4.幽门螺杆菌（Hp）感染：对Hp感染是否为FD的发病因素尚存在争议，国内学者的共识意见为Hp感染是慢性活动性胃炎的主要病因，有消化不良症状的Hp感染者可归属FD的范畴。
5.精神心理因素：约半数以上FD患者存在精神心理障碍，FD症状的严重程度与抑郁、焦虑及恐惧等有关。因此，精神心理社会因素是FD发病的重要因素之一。
6.遗传、饮食、生活方式等因素也参与FD的发生。
