诊断标准：1.有上腹痛、上腹灼热感、餐后饱胀和早饱症状之一种或几种，呈持续或反复发作的慢性过程（罗马Ⅲ标准规定病程超过6个月，近3个月症状持续）；2.上述症状排便后不能缓解（排除症状由肠易激综合征所致）；3.排除可解释症状的器质性疾病。
根据临床特点，罗马Ⅲ标准将本病分为两个临床亚型：（1）上腹痛综合征：上腹痛和（或）上腹烧灼感；（2）餐后不适综合征：餐后饱胀和（或）早饱。两型可有重叠。
诊断程序：在全面病史采集和体格检查的基础上，应先判断患者有无提示器质性疾病的“报警症状和体征”：45岁以上，近期出现消化不良症状，有消瘦、贫血、呕血、黑粪、吞咽困难、腹部肿块、黄疸等；消化不良进行性加重。对有“报警症状和体征”者，必须进行全面检查直至找到病因。对年龄在45岁以下且无“报警症状和体征”者，可选择基本的实验室检查和胃镜检查。亦可先予经验性治疗2-4周观察疗效，对诊断可疑或治疗无效者有针对性地选择进一步检查。
需要鉴别的疾病包括：食管、胃和十二指肠的各种器质性疾病如消化性溃疡、胃癌等；各种肝胆胰疾病；由全身性或其他系统疾病引起的上消化道症状如糖尿病、肾脏病、风湿免疫性疾病和精神神经性疾病等；药物引起的上消化道症状如服用非甾体类抗炎药；其他功能性胃肠病和动力障碍性疾病如胃食管反流病、肠易激综合征等。应注意，不少FD患者常同时有胃食管反流病、肠易激综合征及其他功能性胃肠病并存，临床上称之为症状重叠。
