(一)发病原因
正常人小肠黏膜内有多种二糖酶，如乳糖酶能将乳糖分解为半乳糖及葡萄糖;麦芽糖酶能将麦芽糖分解为葡萄糖及异麦芽糖;异麦芽糖酶能将异麦芽糖分解为两个分子的葡萄糖;蔗糖酶能分解蔗糖为葡萄糖及果糖;还有海藻糖酶能分解海藻糖为两个分子的葡萄糖，因为某些原因使二糖酶缺乏，从而二糖的消化吸收发生障碍导致腹泻，临床此病并不少见，但常不被重视。
(二)发病机制
婴儿因为遗传的因素可有蔗糖酶及异麦芽糖酶缺乏，蔗糖-异麦芽糖吸收不良的缺陷主要在蔗糖，而异麦芽糖缺陷是继发的，有研究显示该酶在细胞内的处理有缺陷，堆积在内质网内，酶复合物在高尔基复合体内被阻断，而改变了的酶却被转运至细胞表面，由于以上各种因素，这种单基因疾病可呈异质性，该酶基因定位于染色体3q，是属于常染色体隐性遗传性疾病，纯合子终生有症状，杂合子只在婴儿期有症状而成年后症状可以消失，给予鲜酵母或活酵母可减轻其症状。
人乳糖酶根皮苷水解酶(lactase phlorizin hydrolase)的基因定位于第2号染色体，婴儿的小肠黏膜上皮刷状缘缺乏乳糖酶时，在首次母乳喂饲后即出现水样泻。
成年人二糖酶缺乏最常见的是乳糖酶缺乏，乳糖酶活性在新生儿时最高，以后可降低至其最大量的10%，成年人乳糖酶缺乏者正是在这一水平，婴儿断奶之后，乳糖酶逐渐减少，再服牛奶时即易引起腹泻，这种酶的缺乏与遗传有关，在白种人中占5%～30%，而75%为有色人种，包括亚洲与非洲人，蔗糖-异麦芽糖酶缺乏，可以减少到正常的10%～20%，肠黏膜正常，原因尚不明，此外在胃肠道感染时，二糖酶也可以暂时性分泌不足。
