小儿二糖酶缺乏症对婴幼儿影响较大，其常见并发症有尿布疹、呕吐、生长发育迟缓、导致小儿难治愈的慢性腹泻、造成宝宝缺钙、缺锌、缺铁和贫血等症状等，严重的时候，诱发的并发症会危及患儿的生命。成人二糖酶缺乏症会引起腹泻。一般不会导致较为严重的并发症发生。
