很长一段时间里，人们认为HIM是B细胞内源性缺陷导致的免疫球蛋白转换障碍，直到1983年才认识到T细胞缺陷，不能向B细胞提供有效的辅助信息与HIM的发病有密切关系，1991年使用单克隆技术，发现XHIM是T细胞不能表达CD40L所致，CD40L，基因位于Xq26.3～27，长13kb，由5个外显子和参插其间的4个内含子组成，其表达产物CD40配体(CD40L)属肿瘤坏死因子(TNF)超家族的Ⅱ型跨膜蛋白，主要以三倍体形式表达在活化的CD4+T细胞上。
CD40L基因突变的数据库已建立，在75个突变中，42个为编码区单个核苷酸置换(大多为错义突变)，导致氨基酸置换和过早转录终止，其他突变类型有插入，大片基因缺失和非框架缺失，突变热点主要集中在第5号外显子，上海第二医科大学新华医院最近在国内发现1例XHIM的CD40L基因点突变。
CD40L与B细胞上CD40结合是产生记忆B细胞，组成生发中心的关键信号，并促进IgM类别转化为IgG，IgA或IgE，T细胞通过CD40L与巨噬细胞和树突状细胞CD40结合，可诱导其分泌IL-12，形成对细胞内微生物的免疫应答。
CD40L基因突变的结果改变了CD40L蛋白的晶体结构，使其与CD40分子结合位点不能有效暴露，或增强该区的厌水性，从而不能与CD40分子结合，导致T细胞依赖抗原的再次免疫应答障碍，因此，患者易发生细菌，卡氏肺囊虫和隐孢子虫感染。
