1.血象检查：血细胞计数显示中性粒细胞减少，血小板减少。
2.血生化检查：可有轻重不等的高结合胆红素血症(34.2～256.5yDol/L)，血清碱性磷酸酶，γ-谷氨酸转酞酶及胆固醇显著升高，转氨酶可有增加，其他肝脏蛋白通常正常，可有轻度溶血，凝血时间延长，轻度酸中毒和提示先天性感染的脐血IgM增高，肝内胆管发育不良血中胆酸，胆固醇明显增高，后者可高达14.3～26.0mmol/L(550～1000mg/dl)，谷丙转氨酶(ALT)轻度升高，碱性磷酸酶增高十分显著。
动态观察血胆红素对鉴别也有一定帮助，如逐渐下降，应考虑为肝炎，婴儿肝炎时血甲胎蛋白明显增高，而胆道闭锁时血碱性磷酸酶，5-核苷酸酶及低密度脂蛋白(lipoprotein X，LP-X)增高显著，但两者有少数重叠。
3.新生儿乙型肝炎病毒感染：除血液外乙型肝炎病毒可存在于大多数体液，包括乳汁，但粪便中似乎没有，慢性HBsAg携带母亲如果具有：
(1)HBeAg阳性同时又HBeAb阴性。
(2)有可检出水平的血清特异性乙型肝炎病毒DNA聚合酶。
(3)有较高水平的血清HBcAb，其胎儿和婴儿获得感染的危险最大，有少数幸存者出现肝脏结构的重建而接近正常。
4.病原学检查：鼻咽部冲洗物，尿，大便和脑脊液可用于培养病毒，特殊的血清学检查可有助于诊断(TORCH效价)。
5.α1-抗胰蛋白酶(α1-AT)缺乏：实验室检查血清蛋白电泳α1球蛋白明显降低，胰蛋白酶抑制容量减少，免疫扩散法测定血清α1-AT浓度比正常减少50%以上，肝病理切片肝细胞内有耐淀粉酶的PAS染色阳性小体，但最可靠还是Pi基因型测定。
6.肝组织学检查：经皮肝穿刺所得的肝组织学检查可区分肝内或肝外胆汁淤积，但不能区分肝组织内的特殊感染原，例外的是巨细胞病毒可在肝细胞胆管上皮细胞胞浆内形成包涵体，以及疱疹病毒的核内嗜酸性包涵体，常见表现为小叶结构紊乱的局灶性坏死，多核巨细胞形成，肝细胞空泡样变，索样结构消失，肝细胞内和小管性胆汁淤积可以是持续性的，门脉改变不明显，但可出现新生结节增生和轻微纤维样变。
肝内胆管发育不良肝组织学改变为小叶间胆小管明显稀少，胆道闭锁病理特点为：胆管增生，早期肝细胞有胆红素淤积，胆小管有胆栓形成，门脉区炎症反应，小叶间有纤维化，肝小叶结构基本完好，而婴儿肝炎肝小叶结构变形，炎性细胞浸润明显，并有局灶性肝细胞坏死，胆小管病变相对较轻微。
肝的活组织检查可以在90%以上病例中区分胆汁淤积与胆管闭锁。
7.基因检查：有些基因遗传性先天代谢缺陷疾病，患儿的父母应尽早地做基因检查。
8.B超检查：胆管系统的超声检查可用于确定胆总管囊肿是否存在，如发现胆囊缺如或发育不良，应考虑为胆道闭锁，常伴有多脾综合征，腹内脏易位，肠回转不良，右位心及腹内血管畸形等，心血管的异常包括：末梢及瓣膜型肺血管狭窄(最常见)，房间隔缺损，主动脉缩窄及法洛四联症。
9.X线检查：胆道闭锁常规做X线胸透可以显示多脾综合征的畸形，必要时长骨X线检查可发现肱骨，股骨，胫骨干骺端呈“芹菜梗样”改变。
10.CT和MRI检查：必要时CT和MRI检查可发现颅内钙化。
11.十二指肠引流液测定：十二指肠插管后，每2小时收集1次十二指肠液，直至发现胆汁或达24h，引流过程中可注入10～15ml 25%硫酸镁，促进胆汁充分排泄，如发现有胆汁，即可排除胆道闭锁，24h仍无胆汁排出，胆道闭锁可能很大，最近有人测十二指肠液胆红素定量及胆酸定性，结果肝炎组21例，20例十二指肠液胆红素>17.1yDol/L(1mg/dl)，胆酸阳性。胆道闭锁17例，胆红素均<17.1yDol/L(1mg/dl)，胆酸均阴性。
12.核素检查：肝胆核素扫描发现肝清除循环血中核素并排泄到肠腔内的功能下降。
(1)131I玫瑰红(rose bengal)排泄试验：静脉给药后，收集48h所排粪便，如粪便中核素小于所注射量的10%，胆道闭锁可能大，缺点是收集粪便时需将尿完全分开，常有一定实际困难。
(2)99mTc标记的亚氨基双醋酸(iminodiacetic acid)衍生物排泄试验：胆道闭锁时99mTc可被肝细胞摄取显像，但无核素排至肠道，而特发肝炎肝摄取核素延迟，最终能将其排至胆道及肠道，虽排泄比正常减少，其优点是放射剂量小，γ摄像造影分辨力高，缺点是半衰期短，超过24h即不能形成影像，可使少数排出核素延迟的婴儿肝炎，出现假阴性。
为了提高核素检查正确率，可在检查前先服用苯巴比妥(每天5mg/kg)3～5天，如胆道通畅，可促进核素由胆道排出，以减少假阴性结果。
