诊断标准
1.临床症状
一般起病较慢，中毒症状较轻，痢疾样腹泻次数较少，有果酱样大便，容易反复发作，由于其症状轻重不一，且缺少特征性，故对慢性腹泻或有含糊不清的肠道疾病者，应考虑有本病可能。
2.实验室检查
粪便检查是确诊的重要依据，发现病原体后尚须鉴别非致病性阿米巴原虫，目前血清学检查发展很快，是诊断阿米巴病的关键性实验，大约有90%的患者血清，可通过ELISA，间接血凝及间接免疫荧光等检测不同滴度的抗体，PCR诊断技术为十分有效，敏感及特异的方法，WHO专门委员会建议，镜下检获含四核的包囊，应鉴定为溶组织内阿米巴或迪斯帕内阿米巴;粪中检测含红细胞的滋养体，应高度怀疑为溶组织内阿米巴;血清学检查高滴度阳性，应高度怀疑为溶组织内阿米巴感染，阿米巴病仅由溶组织内阿米巴引起。
3.结肠镜检查
对那些显微镜检查，血清学及PCR检查均未获阳性结果，而临床高度怀疑的病例，可行结肠镜检查或纤维肠镜检查，约2/3有症状病例中，直肠和乙状结肠黏膜可见大小不等的散在溃疡，表面覆有黄色脓液，边缘略突出，稍充血，溃疡与溃疡之间的黏膜正常，从溃疡面刮取材料作镜检，发现滋养体机会较多。
4.X线钡剂灌肠检查
病变部有充盈缺损，痉挛及壅塞现象，此种发现虽无特异性，但有助于阿米巴瘤与肠癌的鉴别。
5.诊断性治疗
如临床上有高度怀疑而各种检查又不能确诊时，可选用抗阿米巴药物治疗，如效果确切，诊断亦可成立。
鉴别诊断
1.细菌性痢疾
2.血吸虫病：有疫水接触史，肝脾大，血嗜酸性粒细胞增高，大便毛蚴孵化，直肠黏膜活检虫卵及环卵沉淀试验或循环抗原检测等阳性可资鉴别。
3.结肠癌：一般年龄较大，排便习惯改变并有不畅感，粪便变细且含血液，有渐进性腹胀，肛指检查，X线钡剂，结肠镜检查等有助于鉴别。
4.非特异性溃疡性结肠炎：左侧痉挛性疼痛，内镜检查可见结肠黏膜广泛充血，水肿，溃疡多而易出血，多次病原体检查阴性，血清免疫学试验阿米巴抗体阴性，抗阿米巴诊断性治疗无效等可作出诊断。
