潜伏期一般为1～2周，可短至4天，长达1年以上，起病突然或隐匿，可有以下临床类型。
1.无症状型(原虫携带状态)：大多数粪便内能找到阿米巴原虫而无症状，包囊仅在常规粪检中发现，并在整个感染期间排出，作为共居者存在，不侵袭组织，这类患者约90%为迪斯帕内阿米巴感染，但也有极少数感染溶组织内阿米巴而症状不明显，多年保持亚临床状态如腹部不适，气胀，便秘等。
2.普通型：起病一般缓慢，有腹部不适，大便稀薄，有时腹泻，每天数次，有时亦可便秘，腹泻时大便略有脓血，呈痢疾样，如病变发展，痢疾样大便可增至10～15次/d或以上，伴有里急后重，腹痛加剧和腹胀，回盲部，横结肠及直肠部均可有压痛，全身症状较轻微，常有低热或不发热，上述症状一般持续数天至数星期，可自行缓解，如未接受治疗则易于复发，粪检可有少量或多量滋养体，大便有腐败腥臭。
3.暴发型：此型少见，多发生于体弱和营养不良者，起病急骤，中毒症状显著，重病容，有高热及极度衰竭，大便迅速增至15次/d以上，含明显脓血与大量滋养体，甚至肛门失禁，呈水样或血水样，有奇臭，伴呕吐，剧烈腹痛，里急后重及腹部明显压痛，患者有不同程度脱水与电解质紊乱，有时可出现休克，易并发肠出血与肠穿孔，如不积极抢救，可于1～2周内因毒血症或并发症而死亡。
4.慢性型：常为普通型未经彻底治疗的延续，病程可持续数月甚至数年不愈，腹泻反复发作，或与便秘交替出现，一般腹泻每天不超过3～5次，大便呈黄糊状，带少量黏液及血液，有腐臭，常伴有脐周或下腹部疼痛，症状可持续存在，或有间歇，间歇期长短不一，可为数星期或数月，间歇期间可无任何症状，常因疲劳，饮食不当，暴饮暴食及情绪变化等为复发的诱因，久病者常伴有贫血，乏力，消瘦，肝大及神经衰弱等，易并发阑尾炎及肝脓肿，大便检查可找到滋养体或包囊。
典型阿米巴痢疾诊断不难，确诊有赖于粪便中找到病原体，不典型病例往往需借助结肠镜检查，血清学检查及诊断性治疗等措施。
